CellProfiler / CellProfiler-Analyst

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CellProfiler Analystではデータの探索と分析をインタラクティブに行うことが可能です。特にハイスループット、画像ベースの実験から。 複雑で微妙な表現型を認識するために訓練された教師ありの機械学習システムが含まれており、何百万もの細胞の自動スコアリングを行うことができます。8 がインストールされている必要があります (JRE だけではありません)。Java のパスを確認してください。

これは CPA の開発ブランチで、定期的に更新されることに注意してください。 CPA のサンプルデータセット (zip)

Developer build

CPA をあなたのマシンでビルドするには、CellProfiler の依存関係が必要です。 インストール方法の詳細はwikifをご覧ください。

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python->
• Python->
• Scikit->
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CellProfiler Analyst 開発は CellProfiler Forumlistで議論されています。

How to file new issues

Please attach sufficient information to reproduce the bug. 多くのバグについては、プロパティファイル、トレーニングセット、またはスクリーンショットを添付することが適切です。

How to cite

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh and Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analyzing and classification of large biological image sets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland and Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: data exploration and analysis software for complex image-based screens
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Contributors

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logidan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban