GROMACS Tutorials

Questi tutorial sono progettati come materiale introduttivo all’uso del pacchetto di simulazione GROMACS. GROMACS è un software libero, open-source, ed è stato costantemente uno dei più veloci (se non il più veloce) codici di dinamica molecolare disponibili.

Ci sono attualmente sette tutorial disponibili:

1. Lisozima in acqua: L’intento di questo tutorial è quello di dare ai nuovi utenti un’introduzione di base agli strumenti utilizzati per preparare, eseguire ed eseguire semplici analisi su un sistema “tipico” con GROMACS.
2. KALP15 in DPPC: Questo tutorial è più avanzato, ed è progettato per gli utenti più esperti che vogliono simulare le proteine di membrana e comprendere la struttura e la modifica del campo di forza.
3. Umbrella Sampling: Anche un po’ avanzato, questo tutorial è destinato agli utenti che desiderano imparare a utilizzare il campionamento a ombrello per calcolare il potenziale della forza media (PMF) lungo un singolo, lineare grado di libertà.
4. Sistemi bifasici: La costruzione di un sistema bifasico cicloesano-acqua.
5. Complesso proteina-ligando: Il quinto tutorial istruisce l’utente su come trattare un sistema proteina-ligando, con particolare attenzione alla corretta parametrizzazione del ligando e alla gestione della topologia.
6. Energia libera di solvatazione: Questo tutorial descrive la procedura per effettuare un semplice calcolo dell’energia libera, l’eliminazione delle interazioni di van der Waals tra una molecola semplice (metano) e l’acqua. Vengono discussi sistemi più complicati.
7. Siti virtuali: Questo tutorial guida l’utente attraverso la costruzione manuale di siti virtuali per una molecola lineare triatomica molto semplice (CO2).

Tutti questi tutorial presuppongono che tu stia usando GROMACS versione 2018 o più recente. Se state usando una versione precedente, non tutte le caratteristiche descritte qui funzioneranno! Alcune delle opzioni .mdp e degli argomenti della riga di comando cambiano tra le versioni, specialmente con le nuove caratteristiche introdotte nelle versioni 5.0 e 5.1, e anche alcuni cambiamenti dalla serie 2016.x. Se state usando una versione diversa, siate avvertiti: i tutorial probabilmente non funzioneranno come previsto.

Alla fine di ogni tutorial troverete le mie informazioni di contatto per fornire commenti o segnalare qualcosa che trovate non corretto. Apprezzo sinceramente questo tipo di feedback, in quanto mi aiuta a progettare tutorial migliori e a correggere le cose che non sono chiare (o a volte sbagliate, ops). Devo chiedervi per favore di non contattarmi per un aiuto generale su GROMACS o per consigli sul vostro progetto. Sono continuamente sommerso da richieste di aiuto e semplicemente non ho il tempo di essere utile a tutti.

Spero che troviate utili questi tutorial. Se usi questi protocolli per la tua ricerca, ti chiedo di citare il documento che spiega il background teorico di questi tutorial:

J.A. Lemkul (2018) “From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Felice simulazione!

Per le istruzioni di installazione di GROMACS, fare riferimento qui.