FlyBase: The Drosophila Database

FlyBase ha un deposito per le immagini (flybase/allied-data/ images). È in corso un progetto, con il Dr. N. Patel, per catturare immagini di linee trappola per enhancer. Queste immagini saranno collegate ad altri oggetti (ad esempio stock, alleli) in FlyBase.

Anche se non sono dati alleati, FlyBase rende disponibile il testo completo invariato di Lindsley e Zimm ( 3 ) (per permesso di Academic Press) e mantiene un file di errori in questo libro che sono stati notati. Il testo del precedente Lindsley e Grell ( 2 ) è anche disponibile su FlyBase.

Implementazione

FlyBase è costruito con un sistema di gestione di database relazionali (Sybase). Lo schema attuale è stato implementato per la maggior parte dei dati e la maggior parte dei file accessibili tramite i server FlyBase sono i prodotti delle tabelle Sybase. Lo schema è ora in fase di estensione per accogliere mappe fisiche e sequenze dai principali progetti del genoma di Drosophila.

I dati di FlyBase sono mantenuti da curatori che lavorano dalla letteratura e compilano un modulo standard che viene analizzato nelle tabelle Sybase.

Accesso

FlyBase fornisce agli utenti una varietà di modalità di accesso: WWW, gopher, ftp di file piatti e, tramite l’Enciclopedia della Drosophila , che utilizza una versione ACeDB.

FlyBase è attualmente accessibile in tre siti, Harvard e Indiana University. Il server FlyBase WWW ad Harvard (vedi sotto per gli indirizzi) dà accesso agli strumenti di ricerca CytoSearch (per la ricerca sulla base della posizione della mappa citologica) e SymbolSearch (per la ricerca per gene, aberrazione o simbolo di trasposone, con pieno supporto dei caratteri jolly) così come l’accesso alla serie completa di servizi dati FlyBase disponibili attraverso il server Indiana. Il server di Harvard supporta solo http, e quindi richiede un browser come Mosaic, Netscape o Lynx. Il server dell’Indiana supporta più protocolli, inclusi http, Gopher e ftp ed è accessibile da una vasta gamma di client. I file piatti strutturati in uscita da Sybase sono disponibili per essere interrogati, copiati o sfogliati. Gli utenti di client interattivi (per esempio Gopher+, Mosaic, Netscape) possono richiedere stock, aggiornare o aggiungere alla directory dei lavoratori di Drosophila, e inviare e-mail al consorzio FlyBase dall’interno di FlyBase.

I file piatti derivati dalle tabelle Sybase sono spesso disponibili in diversi formati, oltre ad essere indicizzati per le query. Per esempio, la bibliografia è disponibile in formato Unix REFER (che può essere usato da molti pacchetti bibliografici) così come in formato testo e ‘comma separated values’. I dati genetici sono disponibili in formati di testo leggibili e in un formato in cui diversi campi sono codificati (questi ultimi permettono agli utenti di scrivere semplice codice per costruire le proprie query sui dati).

FlyBase pubblica un sottoinsieme dei dati in forma stampata come numeri speciali del Drosophila Information Service . Due di questi numeri sono stati pubblicati nel giugno 1994: DIS 73 include dati su loci genici, funzioni geniche e sinonimi di geni e alleli; DIS 74 è una bibliografia della letteratura di Drosophila per il periodo 1982-1993.

FlyBase e il Berkeley Drosophila Genome Project pubblicano insieme The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (versione 2, ottobre 1995). Questo presenta una fusione delle informazioni in FlyBase con i dati del progetto Berkeley visualizzabili tramite un client ACeDB. Questo progetto di collaborazione ha comportato la personalizzazione di ACeDB per Drosophila (da Suzanna Lewis a Berkeley), un port di ACeDB su piattaforme Mac (da Cyrus Harmon a Berkeley) e un’interfaccia tra Sybase e ACeDB (da Eddy Welbourne a Cambridge). L’Enciclopedia è disponibile da FlyBase come CD-ROM (per Mac) o via ftp dal server FlyBase dell’Indiana per piattaforme Unix e Mac.

L’interazione con la comunità di utenti è vitale per il successo di FlyBase. Incoraggiamo l’invio di nuovi dati, la correzione di errori e idee per rendere questo database ancora più utile alla comunità.

Documentazione

Un completo FlyBase Reference Manual è disponibile sui server FlyBase come file di testo o Postscript (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Un manuale utente più breve è anche disponibile (flybase/docs/User-manual.txt e.ps) così come una breve introduzione ‘About FlyBase’ (flybase/About-fly-base).

Le novità sui cambiamenti di FlyBase sono pubblicate sul gruppo di notizie bionet. drosophila.

Riferimento a FlyBase

Suggeriamo che FlyBase sia referenziato come segue:

Suggeriamo che l’abbreviazione FB sia usata per FlyBase, indipendentemente dal particolare prodotto FlyBase.

Indirizzi

Il server Harvard FlyBase ha l’URL http://morgan.harvard.edu/ .

Un CD-ROM dell’Enciclopedia della Drosophila (per Macs) può essere acquistato ad un costo nominale da Ms D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

L’Enciclopedia della Drosophila è disponibile per sistemi Unix (Sun, SGI e DEC Alpha) e per Mac via ftp da flybase.bio.indiana.edu (login con username eofd e password FlyBase).

Domande sul server Indiana FlyBase possono essere indirizzate a [email protected] .

Richieste di aiuto e domande su FlyBase devono essere indirizzate a [email protected] . Segnalazioni di errori in FlyBase o aggiornamenti di dati, devono essere indirizzate a [email protected] . La posta può essere indirizzata a FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Riconoscimenti

FlyBase è sostenuto da una sovvenzione del National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). È stato anche supportato da una sovvenzione del Medical Research Council di Londra. John Merriam (UCLA) è stato membro del consorzio fino al luglio 1994. Lo ringraziamo per i suoi preziosi contributi.

Note degli autori