GROMACS oktatóanyagok

Ezek az oktatóanyagok bevezető anyagként szolgálnak a GROMACS szimulációs csomag használatához. A GROMACS ingyenes, nyílt forráskódú szoftver, és következetesen az egyik (ha nem a leggyorsabb) elérhető molekuladinamikai kód.

A jelenleg hét oktatóanyag áll rendelkezésre:

1. Lysozyme in Water:
2. KALP15 in DPPC: Ez az oktatóanyag haladóbb, és olyan tapasztaltabb felhasználóknak készült, akik membránfehérjéket szeretnének szimulálni, és meg akarják érteni az erőtér szerkezetét és módosítását.
3. Umbrella Sampling: Szintén kissé haladó, ez az oktatóanyag azoknak a felhasználóknak szól, akik szeretnék megtanulni az ernyőmintavételezés használatát az átlagos erő potenciáljának (PMF) kiszámításához egyetlen, lineáris szabadsági fok mentén.
4. Kétfázisú rendszerek: Egy kétfázisú ciklohexán-víz rendszer felépítése.
5. Fehérje-ligandum komplex: Az ötödik oktatóanyag egy fehérje-ligandum rendszer kezelésére oktatja a felhasználót, különös tekintettel a megfelelő ligandumparaméterezésre és a topológia kezelésére.
6. Az oldódás szabad energiája: Ez a bemutató leírja egy egyszerű szabadenergia-számítás elvégzésének eljárását, a van der Waals kölcsönhatások kiküszöbölését egy egyszerű molekula (metán) és a víz között. Bonyolultabb rendszereket is tárgyalunk.
7. Virtuális helyek: Ez az oktatóanyag végigvezeti a felhasználót egy nagyon egyszerű lineáris, háromatomos molekula (CO2) virtuális helyeinek kézi építésén.

Az oktatóanyagok mindegyike feltételezi, hogy a GROMACS 2018-as vagy újabb verzióját használja. Ha régebbi verziót használ, nem minden itt részletezett funkció fog működni! Néhány .mdp opció és parancssori argumentum változik a verziók között, különösen az 5.0 és 5.1 verziókban bevezetett új funkciók, sőt a 2016.x sorozat óta bekövetkezett változások miatt is. Ha más verziót használ, előre szólok: az oktatóanyagok valószínűleg nem az elvárásoknak megfelelően fognak működni.

Minden oktatóanyag végén megtalálod az elérhetőségeimet, hogy kommentálhass vagy jelezhess bármit, amit hibásnak találsz. Őszintén értékelem ezt a fajta visszajelzést, mivel segít jobb oktatóanyagokat tervezni, és kijavítani a nem egyértelmű (vagy néha rossz, hoppá) dolgokat. Meg kell kérnem, hogy ne fordulj hozzám általános GROMACS segítségért vagy tanácsért a projekteddel kapcsolatban. Folyamatosan elárasztanak a segítségkérések, és egyszerűen nincs időm arra, hogy mindenkinek segítőkész legyek.

Remélem, hasznosnak találod ezeket az útmutatókat. Ha ezeket a protokollokat használja kutatásaihoz, kérem, hogy idézze azt a cikket, amely az útmutatók elméleti hátterét magyarázza:

J.A. Lemkul (2018) “From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Boldog szimulálást!

A GROMACS telepítési utasításaiért lásd itt.