FlyBase: FlyBase: The Drosophila Database
A FlyBase rendelkezik egy képtárral a képek számára (flybase/allied-data/ images). Dr. N. Patellel közösen folyamatban van egy projekt az enhancer trap vonalak képeinek rögzítésére. Ezeket a képeket a FlyBase más objektumaihoz (pl. állományok, allélok) fogják kapcsolni.
Bár nem allied data, a FlyBase elérhetővé teszi Lindsley és Zimm ( 3 ) teljes, változatlan szövegét (az Academic Press engedélyével), és egy fájlt vezet a könyvben észlelt hibákról. A korábbi Lindsley és Grell ( 2 ) szövege szintén elérhető a FlyBase-en.
Implementáció
A FlyBase egy relációs adatbázis-kezelő rendszerrel (Sybase) épül fel. Az adatok többségére a jelenlegi séma került bevezetésre, és a FlyBase szerverein keresztül elérhető legtöbb fájl a Sybase táblák terméke. A séma jelenleg bővítés alatt áll, hogy a főbb Drosophila genomprojektek fizikai térképeit és szekvenciáit is tartalmazza.
A FlyBase adatait a szakirodalomból dolgozó kurátorok tartják karban, akik egy szabványos űrlapot töltenek ki, amelyet a Sybase táblákba elemeznek.
A hozzáférés
A FlyBase a felhasználók számára többféle hozzáférési módot biztosít: A Drosophila Enciklopédián keresztül, amely egy ACeDB verziót használ.
A FlyBase jelenleg három helyszínen, a Harvard és az Indiana Egyetemeken érhető el. A Harvardon található FlyBase WWW szerver (címeket lásd alább) hozzáférést biztosít a CytoSearch (a citológiai térképi pozíció alapján történő kereséshez) és a SymbolSearch (gén, aberráció vagy transzpozon szimbólum alapján történő kereséshez, vadkártyák teljes támogatásával) keresőeszközökhöz, valamint az Indiana szerveren keresztül elérhető teljes FlyBase adatszolgáltatáshoz. A Harvard szerver csak a http-t támogatja, ezért olyan böngészőre van szükség, mint a Mosaic, a Netscape vagy a Lynx. Az indianai szerver többféle protokollt támogat, beleértve a http-t, a Gopher-t és az ftp-t, és a kliensek széles köre számára elérhető. A Sybase által kibocsátott strukturált síkfájlok lekérdezhetők, másolhatók vagy böngészhetők. Az interaktív kliensek (pl. Gopher+, Mosaic, Netscape) felhasználói a FlyBase-ből kérhetnek állományokat, frissíthetik vagy hozzáadhatják a Drosophila-munkások könyvtárát, és e-mailt küldhetnek a FlyBase konzorciumnak.
A Sybase táblákból származtatott flat file-ok gyakran több formátumban is elérhetők, valamint a lekérdezésekhez indexelve vannak. Például a bibliográfia Unix REFER formátumban (amelyet számos bibliográfiai csomag használhat), valamint szöveges és “vesszővel elválasztott értékek” formátumban is rendelkezésre áll. A genetikai adatok olvasható szöveges formátumban és olyan formátumban állnak rendelkezésre, amelyben a különböző mezők kódolva vannak (ez utóbbiak lehetővé teszik a felhasználók számára, hogy egyszerű kódot írjanak az adatokra vonatkozó saját lekérdezések elkészítéséhez).
A FlyBase az adatok egy részhalmazát nyomtatott formában a Drosophila Information Service különszámaként teszi közzé. Két ilyen számot adtak ki 1994 júniusában: A DIS 73 a génlokuszokra, génfunkciókra és gén- és allélszinonimákra vonatkozó adatokat tartalmazza; a DIS 74 a Drosophila-irodalom bibliográfiája az 1982-1993 közötti időszakra vonatkozóan.
A FlyBase és a Berkeley Drosophila Genome Project közösen kiadja a The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (2. változat, 1995. október) című kiadványt. Ez a FlyBase információinak egyesítését mutatja be a Berkeley projekt ACeDB kliens segítségével megtekinthető adataival. Ez a közös projekt magában foglalta az ACeDB Drosophila számára történő testreszabását (Suzanna Lewis, Berkeley), az ACeDB Mac platformokra történő átültetését (Cyrus Harmon, Berkeley), valamint a Sybase és az ACeDB közötti interfészt (Eddy Welbourne, Cambridge). Az enciklopédia elérhető a FlyBase-től CD-ROM-on (Mac számítógépekhez) vagy ftp-n keresztül az Indiana FlyBase szerveréről Unix és Mac platformokhoz.
A FlyBase sikeréhez elengedhetetlen a felhasználói közösséggel való interakció. Bátorítjuk az új adatok beküldését, a hibák kijavítását és az ötleteket, hogy ez az adatbázis még nagyobb hasznára váljon a közösségnek.
Dokumentáció
A FlyBase teljes FlyBase Referencia kézikönyve elérhető a FlyBase szerveréről szöveges vagy Postscript fájlok formájában (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Egy rövidebb Felhasználói kézikönyv is elérhető (flybase/docs/User-manual.txt és.ps), valamint egy rövid bevezető “A FlyBase-ről” (flybase/About-fly-base).
A FlyBase változásairól szóló híreket a bionet. drosophila hírcsoportba küldjük.
A FlyBase-re való hivatkozás
A FlyBase-re való hivatkozást a következőképpen javasoljuk:
A FlyBase-re az FB rövidítést javasoljuk használni, függetlenül az adott FlyBase terméktől.
Címek
A Harvard FlyBase szerverének URL címe http://morgan.harvard.edu/ .
A Drosophila Encyclopaedia of Drosophila CD-ROM (Mac számítógépekhez) névleges áron megvásárolható a következő címen: Ms D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).
Az Encyclopaedia of Drosophila elérhető Unix rendszerekre (Sun, SGI és DEC Alpha) és Mac számítógépekre ftp-n keresztül a flybase.bio.indiana.edu címről (bejelentkezés az eofd felhasználónévvel és a FlyBase jelszóval).
Az Indiana FlyBase szerverrel kapcsolatos kérdéseket a [email protected] címre lehet küldeni.
A FlyBase-zel kapcsolatos segítségkéréseket és kérdéseket a [email protected] címre kell küldeni. A FlyBase hibáiról vagy az adatok frissítéséről szóló jelentéseket a [email protected] címre kell küldeni. A leveleket a FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA címre lehet küldeni.
Acknowledgements
A FlyBase a National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research) támogatásával jött létre. A londoni Medical Research Council (Orvosi Kutatási Tanács) is támogatta. John Merriam (UCLA) 1994 júliusáig volt a konzorcium tagja. Köszönjük neki felbecsülhetetlen értékű közreműködését.
Leave a Reply