CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

Version	Documentation	Forum

A CellProfiler Analyst lehetővé teszi az adatok interaktív feltárását és elemzését,különösen a nagy áteresztőképességű, képalapú kísérletekből származó adatokat. Tartalmaz egy felügyelt gépi tanulási rendszert, amely betanítható az összetett és finom fenotípusok felismerésére, sejtek millióinak automatikus pontozásához.

Telepítés

Download CellProfiler Analyst

A CellProfiler Analyst-hez JDK 1 szükséges.8 telepítése (nem csak a JRE).Ellenőrizze a Java elérési útvonalát.

Kérjük, vegye figyelembe, hogy ez a CPA fejlesztési ága, és rendszeresen frissül.

Az összes kiadást itt találja.

Előrelépésként töltse le a példaadatkészletet innen:

Developer build

A CPA építéséhez a gépén CellProfiler függőségekre van szükség. Nézze meg a wikit a részletesebb telepítési utasításokért.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python
• Python-bioformátumok

Dokumentáció

Wiki

Fórum

A CellProfiler elemző fejlesztését a CellProfiler fórumlistáján lehet megvitatni.

Új problémák benyújtásának módja

Kérjük, csatoljon elegendő információt a hiba reprodukálásához. Sok hiba esetén célszerű csatolni egy tulajdonságfájlt, egy gyakorlóhalmazt vagy egy képernyőképet.

Hogyan kell hivatkozni

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh és Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland és Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: data exploration and analysis software for complex image-based screens
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Közreműködők

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban

.