A DNS-vonalkódolás ígérete a taxonómiában
A DNS-vonalkódolás egy újszerű rendszer, amelyet úgy terveztek, hogy gyors, pontos és automatizálható fajazonosítást tegyen lehetővé rövid, szabványosított génterületeket használva belső fajjelzőként. Ennek következtében hozzáférhetőbbé teszi a Linné-féle rendszertani rendszert, ami előnyös az ökológusok, a természetvédők és a kártevők, az invazív fajok és az élelmiszerbiztonság ellenőrzésével megbízott különféle ügynökségek számára. Tágabb értelemben a DNS-vonalkódolás lehetővé teszi egy olyan nap elképzelését, amikor a hivatásos biológusoktól az iskolásokig minden kíváncsi elmének könnyű hozzáférése lesz a bolygó bármely fajának nevéhez és biológiai jellemzőihez. Amellett, hogy a DNS-vonalkódolás ismert fajokhoz rendeli a példányokat, felgyorsítja a fajok felfedezésének ütemét azáltal, hogy lehetővé teszi a taxonómusok számára a példányok gyors rendezését, és kiemeli az eltérő taxonokat, amelyek új fajokat képviselhetnek. Azáltal, hogy a DNS-vonalkódolás ilyen módon bővíti képességeiket, a taxonómusok lehetőséget kapnak arra, hogy jelentősen kibővítsék és végül teljessé tegyék az élet sokféleségének globális leltárát.
A DNS-vonalkódolás lehetséges előnyei ellenére, mind a taxonómia gyakorlói, mind a felhasználók számára, egyes tudományos körökben vitatott (Wheeler, 2004; Will és Rubinoff, 2004; Ebach és Holdredge, 2005; Will et al., 2005). Néhányan még a DNS-vonalkódolást is “antitaksonómiának” minősítették, azzal érvelve, hogy bevezetése egy 250 éve készülő rendszer halálát fogja jelenteni. Úgy véljük, hogy ez az ellenállás a DNS-strakkódolással kapcsolatos téves elképzelésekből fakad. Ezért üdvözöljük ezt a lehetőséget, hogy tisztázzuk mind a DNS-strakkódolás indoklását, mind annak lehetséges hatásait. A kérdésekre adott válaszainkban hangsúlyozzuk e megközelítésnek a taxonómia és a biológiai sokféleség tudományára gyakorolt számos pozitív hatását.
Kérdések
Ha kétmilliárd amerikai dollárt kapnánk (ennyibe kerülne egy átfogó DNS-strakkódolási program a becslések szerint), hogyan költené ezt a pénzt a taxonómiai és a biológiai sokféleség kutatására, és mi lenne ezeknek az adatoknak az öröksége?
Ez a kérdés figyelmen kívül hagy egy kikerülhetetlen valóságot: nincs kilátás arra, hogy egyetlen 2 milliárd dolláros támogatással bármilyen biodiverzitás-kutatási programot támogassanak. Egy ilyen szintű beruházás végül is megvalósulhat – de ha igen, akkor az a pozitív finanszírozási döntések szakaszos és földrajzilag szétszórt folyamatát fogja tükrözni, amely nagymértékben függ mind a tudományos fejlődéstől, mind a fajszintű azonosítások iránti társadalmi igénytől. A DNS-vonalkódolásra eddig fordított csekély összegű finanszírozás a tudományos felismerések gazdag termését hozta. Ez a tény új szervezeteket késztetett arra, hogy az egész állatvilágra kiterjedően biztosítsák az eredmények skálázhatóságának feltárásához szükséges támogatást. A vizsgálatok e második hullámának korai és pozitív eredményei most nagyobb kutatócsoportok összefogására ösztönöztek. Valójában összeálltak az első globális hatókörű szövetségek, amelyek az összes madárra és halra vonatkozó vonalkódszekvencia-könyvtárak kifejlesztésének vezetésére irányítják a munkát. A sokkal fajgazdagabb csoportok, például a növények és a lepkeszúnyogok szegmensei ennek a folyamatnak a korábbi szakaszában vannak (www.barcoding.si.edu). Ezek a kutatócsoportok hosszabb távon alkothatják azokat a nukleáris egységeket, amelyek szükségesek ahhoz, hogy a vonalkód-kezdeményezés a “nagy tudomány” területére lépjen, ahol a siker egy világosan megfogalmazott, társadalmilag jelentős kutatási menetrend és erős nemzetközi kutatási szövetségek összekapcsolásán múlik.
Azt is fontos megjegyezni, hogy a DNS-vonalkódolás nagyszabású támogatásának keresése nem a taxonómiai finanszírozás rovására történik. Valójában egyértelmű, hogy minden sikeres kampány, amely e támogatás megszerzésére irányul, a taxonómiai kutatásban részt vevő intézmények és egyének számára jelentős finanszírozást fog eredményezni. Összességében a DNS-szekvenálással kapcsolatos költségek a DNS-strakkódolással kapcsolatos erőfeszítéseknek csak kis részét teszik ki; a finanszírozás nagy részét a globális gyűjtési erőfeszítésekre, az így nyert példányok gondozására és a róluk részletes információkat tartalmazó online adatbázisok fejlesztésére fordítják. Ezenfelül érdemes rámutatni, hogy a már megszerzett finanszírozás olyan nagy alapítványoktól és kormányzati ügynökségektől és programoktól származik, amelyeknek nincs hagyománya a taxonómiai kutatások támogatásában, és hogy egyes esetekben a DNS-strichkódolási pályázatok közvetlenül az orvosi és összehasonlító genomikai projektekkel versenyeztek, nem pedig a taxonómiai kutatáshoz kapcsolódó projektekkel. Ebből a szempontból nézve bármilyen nagyszabású DNS-vonalkódolási erőfeszítés mind pénzügyileg, mind tudományosan jelentős áldást jelent a biológiai sokféleség és a rendszertani kutatás számára. Minden bizonnyal maradandó örökséget fog hagyni a fajok azonosítására szolgáló átfogó, széles körben hozzáférhető rendszer formájában.
Az alfa-taxonómiai kutatás (az új fajok felfedezése és leírása) világszerte válságban van. A DNS-vonalkódolás célszerű megoldás erre a problémára, vagy felgyorsítja a hanyatlást?
Nézetünk szerint az alfa-taxonómia hanyatlása nem a molekuláris módszerek növekvő használatának következménye, ahogy azt néha feltételezik (Wheeler, 2004). Valójában arra számítunk, hogy a DNS-strakkódolás elősegíti a taxonómia újjáéledését. A DNS-strakkódoló programok minden bizonnyal új pénzeszközöket irányítanak majd a példányok gyűjtésére és katalogizálására. Segíteni fogják a taxonómiai vizsgálatokat is azáltal, hogy segítik a rejtőzködő fajok feltárását (Hebert et al., 2004a, 2004b), a nemek és életszakaszok összekapcsolását (Beskansky et al., 2003), valamint a szinonímiával kapcsolatos problémák tisztázását, amelyek jelenleg sok taxonómiai erőfeszítést emésztenek fel (Alroy, 2002). A DNS-vonalkódolás újdonsága és tudományos ígérete ráadásul felkelti a közvélemény érdeklődését a rendszertani és biológiai sokféleséggel kapcsolatos kérdések iránt, ösztönözve a fiatal kutatókat, hogy belépjenek a tudományágba, és mind az egyetemi tanszékeket, mind a biogazdálkodási ügynökségeket, hogy alkalmazzák őket.
Bizonyosak vagyunk abban, hogy a DNS-vonalkódolás egyre fontosabb szerepet fog játszani a rendszertani szűrés eszközeként, mivel képes gyorsan felfedni azokat a genetikai eltéréseket, amelyek rendszerint elválasztják a különböző fajokat (pl. Janzen et al., 2005; Smith et al., 2005). Ilyen módon történő alkalmazása lehetővé teszi a szokásos taxonómiai megközelítések megfordítását, amelyek a priori módon működnek – olyan morfológiai diszkontinuitásokat keresve, amelyek a szaporodási elszigeteltséget jelzik az organizmusok válogatatlan csoportjai között. Ezzel szemben a DNS-vonalkódolás hatékonyabb utólagos megközelítést tesz lehetővé, ahol előre meghatározott, genetikailag eltérő csoportokat vizsgálnak a tulajdonságok variációja szempontjából. Ebben az értelemben a DNS-vonalkódolás egyértelműen az alfa-taxonómia hatékony eszköze lesz.
A fajok közötti és fajon belüli átfedő jellemváltozásokat számos jellemrendszer esetében jól dokumentálták. Miért jelent ez több vagy kevesebb problémát a DNS-vonalkódolás esetében?
Az egyes karakterek variációjának átfedése nem jelent problémát egyetlen rendszertani rendszer esetében sem, legyen az morfológiai vagy molekuláris, mindaddig, amíg több karaktert használnak a rendszertani diagnózishoz. A DNS-vonalkódolás egyik gyakori félreértése, hogy az egyetlen karakteren, nevezetesen “egy DNS-szekvencián” alapul. Valójában a 648 bp hosszúságú citokróm c oxidáz I. alegység (cox1 vagy COI) génrégió, amelyet az állatvilág tagjainak DNS-vonalkód-szabványaként használnak, egy összetett összetett karaktert képvisel, amely több száz, egymástól függetlenül változó összetevőt foglal magában. E komponensek közül néhány változatlan, és ezért nem minden 648 bp informatív egy adott rendszertani csoporton belül, de a legtöbb változó. Például a 648 helyből 512-nél találtunk variációt a lepkeszúnyogok vonalkódjainak nagy halmazában (9715 szekvencia 2215 fajból és 1047 nemzetségből). Ez azt jelenti, hogy a DNS-barkódok még egyetlen rovarrendben is integrálják a több száz karakter közötti hasonlóságok és különbségek mintázatát. Bizonyos értelemben ez olyan, mint a lepkék szárnyán lévő pikkelyek által létrehozott mintázat – minden egyes pikkelynek szinte semmi jelentősége nincs, de a szárnyszíneződés mintázatának összetett jellemzője rendkívül informatív.
A DNS-vonalkódolás egyetlen génrégió felhasználásával nem biztosít teljes rendszertani felbontást, de közelséget ígér. A különböző állatcsoportokra vonatkozó korábbi eredmények alapján a DNS-strakkódolás az esetek 95-97%-ában fajszintű felbontást biztosít (Hebert et al., 2004b; Janzen et al., 2005; Ward et al., 2005). Ha ez nem sikerül, akkor a lehetőségeket szűkíti a rokon taxonok kis számára (amelyek sok esetben további genetikai vagy egyéb adatokkal teljes mértékben feloldhatók). Ez a lenyűgöző teljesítmény két fontos és talán váratlan megfigyelést tükröz: a fajok közötti mitokondriális szekvencia-megosztás ritkaságát és a fajon belüli mély vonalkód-divergenciák ritkaságát. A különböző állatcsoportok korlátozott fajon belüli variációja a DNS-vonalkódokkal kapcsolatos erőfeszítések egyik legfontosabb korai eredménye, amely megérdemli a mélyebb tudományos vizsgálatot. Az biztos, hogy a cox1 sokkal kevesebb fajon belüli variációt mutat, mint azt néhány korai kritikus előrevetítette (pl. Mallet és Willmott, 2003), és ez a nukleáris és mitokondriális genomok együttes evolúciójával kapcsolatos szelekció hatását tükrözheti. Fontos, hogy a vonalkódok fajszintű azonosítóként való használata szempontjából úgy tűnik, hogy a vonalkódok közötti különbségek gyorsan felhalmozódnak, ami lehetővé teszi a legfiatalabb testvérfajok kivételével az összes faj megkülönböztetését.
A genetikai adatok általános hasznosságát a taxonómiai vizsgálatokban és a különböző génekből származó taxonómiai jelek erős egyezéseit egyaránt elismerjük. Hangsúlyozzuk azonban, hogy nem létezik “informális DNS-strakkódolás”. A DNS-vonalkód nem akármilyen DNS-szekvencia – ez egy szigorúan szabványosított, minimális hosszúságú és minőségű szekvencia egy elfogadott génből, amelyet letétbe helyeznek egy nagy szekvencia-adatbázisban, és egy olyan utalványmintához csatolnak, amelynek eredetét és jelenlegi állapotát rögzítik. Valójában már megállapították, hogy a National Center for Biotechnology Information’s GenBank (NCBI, GenBank; www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank), az Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium (EMBL; www.embl.org) és a japán DNS Adatbank (DDBJ; www.ddbj.nig.ac.jp).
A fajok “leírása” és “elhatárolása” között fontos különbség van, de a kettő összemosása nyugtalanságot kelt a DNS-vonalkódok jövőbeli rendszertani leírások alapjaként való használatával kapcsolatban. Hangsúlyozzuk, hogy a DNS-vonalkódolás csupán a fajok elhatárolását hivatott segíteni – olyan genetikailag elkülönülő csoportok kiemelését, amelyek szekvencia-divergencia szintjei a faji státuszra utalnak. Ezzel szemben a DNS-strichkódok önmagukban soha nem elegendőek új fajok leírásához. Egy bizonyos szakaszban az egyértelműen eltérő DNS-strichkódokat más információkkal kombinálva egy új Linnaeus-név megadásának alapjául fogják használni (Smith et al., 2005), és mint minden taxonómiai hipotézis esetében, ez is folyamatos újraértékelés tárgyát képezi. Például az észak-amerikai madarak nemrégiben végzett felmérése során a valószínűsíthető új fajok elhatárolásának küszöbértékét önkényesen a teljes vonalkód-adatkészlet fajon belüli átlagos szórásának 10-szeresében határozták meg. Ez négy feltételezett új faj felfedezéséhez vezetett (Hebert et al., 2004b), de az e taxonok hivatalos elismerésével kapcsolatos döntések megfelelő módon az ornitológiai közösségre maradtak (nevezetesen a meglévő morfológiai és viselkedési információk támogatják ezeket az új hipotéziseket). A DNS-vonalkódolás és a morfológiai/ökológiai sokféleség tanulmányozása közötti szinergiát jól szemlélteti az Astraptes fulgerator, az ugrólepke esete, ahol a kombinált morfológiai, természetrajzi és vonalkódolási megközelítés Costa Rica egy kis területén 10 fajból álló komplexumot tárt fel. Fontos, hogy e fajok közül több faj viszonylag kis eltérést mutatott a vonalkódok között, de ezen információk összekapcsolása a lárvális gazdanövényekre és a morfológiára vonatkozó feljegyzésekkel megvilágította a komplex teljes diverzitását (Hebert et al., 2004a).
A javasolt vonalkódoló gének nem képesek pontos fajfák visszaállítására. Számít ez a DNS-vonalkódolás esetében?
Hangsúlyozzuk, hogy a DNS-vonalkódok célja nem a filogenetikai kapcsolatok helyreállítása, hanem az ismert fajok azonosítása és az új fajok felfedezésének elősegítése. Ennek ellenére egyes ellenzők azt állítják, hogy a DNS-barkódolás mint taxonómiai megközelítés kudarcot vall, mert nem mindig állít vissza pontos fajfákat (pl. Will és Rubinoff, 2004). E tekintetben fontos hangsúlyozni, hogy a jelenlegi rendszertani elhelyezéseket nem tényeknek, hanem hipotéziseknek kell tekinteni. Vegyünk egy elsődleges példát, amelyet Will és Rubinoff (2004) a DNS-vonalkódolással kapcsolatos kritikájában felhoz: nevezetesen, hogy a DNS-vonalkódok nagyon szoros rokonságot sugallnak a Simyra henrici lepke és az Acronicta egyes fajai között (Hebert et al., 2003). Will és Rubinoff (2004:48) szerint ez az elhelyezés “lehetetlenné teszi bármilyen taxonómiai információ visszanyerését a szupragenerikus szint alatt, még a nemzetséghez tartozást sem”. Ez az eset azonban nem a DNS-strakkódolás kudarcát tükrözi, hanem véleményünk szerint inkább a megközelítés azon képességét illusztrálja, hogy rávilágítson a vizsgálatra szoruló rendszertani besorolásokra. A S. henrici hagyományos elhelyezése egy külön nemzetségbe tükrözi azt a tényt, hogy felnőtt egyedeinek halványsárga előszárnyai vannak, ami feltűnő eltérést mutat az Acronicta fajok szürke/fekete előszárnyaitól. A lárvamorfológia, a kifejlett egyedek elülső szárnyának mintázata, az ökológiai fülke és a genitális anatómia azonban mind arra utal, hogy a S. henrici közeli rokonságban áll az Acronicta oblinata fajjal (D. Wagner, személyes közlés), és ezt a következtetést a DNS-vonalkódok is megerősítik (1. ábra). Az elülső szárnyak jellegzetes színezete valószínűleg azt tükrözi, hogy a S. henrici lárvái fűfélékkel táplálkoznak, szemben a tipikus Acronicta-fajok fákkal való táplálkozási szokásaival. A szárnyak színének gyors változása feltehetően a természetes szelekció hatására következett be, hogy segítse az aljzathoz való alkalmazkodást a felnőttkori élet során. Így ez a konkrét példa nemcsak azt mutatja meg, hogy a DNS-strakkódolás képes a meglévő rendszertani hipotézisek finomítására, hanem azt is, hogy új betekintést nyújt az evolúciós pályákba (lásd Janzen et al., 2005, más példák trópusi lepkésszárnyúakkal kapcsolatban).
A K2P-távolságok szomszéd-összekapcsolási elemzésével létrehozott taxonazonosító fa, amely 31 Acronicta faj és 1 Simyra faj cox1 szekvencia-divergenciájának mintázatát mutatja. A különböző tartományokból (Kanada) vagy államokból (USA) származó példányok különböző színekkel vannak jelölve.
A K2P-távolságok szomszéd-összekapcsolódási elemzésével létrehozott taxonazonosító fa, amely 31 Acronicta-faj és 1 Simyra-faj cox1-szekvencia-divergenciájának mintáit mutatja. A különböző tartományokból (Kanada) vagy államokból (USA) származó példányok különböző színekkel vannak jelölve.
Egyes fajok nem mitokondriálisan monofiletikusak, és polimorfizmusaikat nem rokon taxonokkal osztják meg. Hogyan befolyásolja ez a vonalkódolásos megközelítéssel történő azonosításokat?
Noha elméletileg előfordulhat a mitokondriumok horizontális cseréje taxonómiailag eltérő szervezetek között, ennek bizonyítékát nem találták meg a mostanra vonalkódolt több ezer állatfaj között. Megfigyeltek közös mitokondriális szekvenciákat (és így vonalkódokat), de csak közeli rokon fajok között és feltehetően a folyamatos hibridizáció eredményeként. Az ilyen megosztás taxonómiai hatásai messze nem katasztrofálisak – az azonosításokat a rokon fajok egy kis komplexumára korlátozzák. A közös vonalkódok nem jelentenek érdemi rendszertani problémát, mivel ritkák, és hatásuk szűk körű.
Érdemes hangsúlyozni, hogy a fajok közötti mitokondriális szekvencia-megosztás kritikus tesztjeit nehéz elvégezni. Számos tanulmány feltételezi, hogy a morfológiai jellemzők és a DNS-vonalkódok alapján végzett azonosítások közötti eltérések a vonalkódadatok hibáit jelzik. Mielőtt kritikusan elfogadnánk az ilyen következtetéseket, a morfológiai alapú hozzárendelések erősebb validálására van szükség. Wahlberg és munkatársai (2003) például ellentmondásokról számoltak be a morfológia és a mitokondriális DNS eltérései között egy szorosan szövetséges lepkefaj-komplexumban, de ez a következtetés sokkal erősebb lett volna, ha a morfológiai hozzárendeléseket több taxonómus egymástól függetlenül megerősítette volna (bár ezek még mindig tükrözhetnek egy hibás taxonómiai hipotézist). Meg kell jegyezni, hogy a DNS-vonalkódolás vak tesztjeit több alkalommal is elvégezték. Sőt, a DNS-vonalkódolás olyan kettős vak teszteken is átment, amelyekben a mintákat szolgáltató taxonómus nem ismerte fel a mintában jelenlévő fajok teljes változatosságát (mindaddig, amíg a vonalkódolás eredményei által inspirált további vizsgálat ki nem mutatta a fajok közötti kulcsfontosságú biológiai különbségeket; pl. Hebert et al., 2004a, 2004b). Annak empirikus bizonyítása, hogy a DNS-vonalkódok képesek konzisztens, pontos és egyértelmű azonosításra, a vonalkódkutatás egyik legfontosabb szempontja, és ugyanezt kell elvárni az alternatív megközelítésektől is.
Ha valaha is megvalósulna egy DNS-vonalkódolási program, ez a rendszertani és biodiverzitás-kutatás kezdetét vagy végét jelentené, és mi lesz a rendszerezők szerepe egy olyan világban, ahol a legtöbb azonosítás “vonalkóddal” történik?
A DNS-vonalkódolás a fajok azonosításához való hozzáférés nagymértékű javításával növelni fogja a biodiverzitás-tudományok léptékét és sikerét. Egy automatizált DNS-alapú rendszer felszabadítja a taxonómusokat a rutinszerű azonosítások alól, lehetővé téve számukra, hogy erőfeszítéseiket új gyűjtésekre, leírásokra és a taxonómiai kapcsolatok értékelésére irányítsák. A DNS-vonalkódolás egyes ellenzői azzal érveltek, hogy a rutinszerű azonosítások a taxonómus munkájának csak kis részét teszik ki (Lipscomb et al., 2003; Wheeler, 2004; Will és Rubinoff, 2004), míg mások az automatizált azonosítási rendszerek potenciális hasznosságát dicsérték, de csak akkor, ha azok a morfológián alapulnak (Gaston és O’Neill, 2004; Wheeler, 2004). Úgy véljük, hogy a fajok azonosítása számos ökológiai és biodiverzitás-vizsgálat, valamint a taxonómiai kutatás sebességkorlátozó lépése, és ezért a DNS-vonalkódolás egyrészt tehermentesíteni fogja a taxonómusokat, másrészt egy olyan jelenlegi igényt fog kielégíteni, amely mind a taxonómia, mind a biodiverzitás-tudomány számára fontos előnyökkel jár.
A vonalkódolt világban a taxonómusok megtartják vezető szerepüket a fajokat elhatároló jellemállapot-változással kapcsolatos tudás társításában, integrálásában és értelmezésében, valamint abban, hogy ez mit jelent a magasabb szintű taxonómia számára. Amint azt korábban említettük, az új életközösségekkel kapcsolatos munkájuk gyakran felgyorsítható azáltal, hogy a vonalkódok eredményeit felhasználva lehetővé teszik a fajok felismerésének utólagos megközelítését. A taxonómusok természetesen továbbra is ki fognak használni más molekuláris és morfológiai megközelítéseket is a mélyebb taxonómiai kapcsolatok feltárására.
A DNS-vonalkódolási programmal járó szekvenálási erőfeszítések elkerülhetetlen bővülése a taxonómiai kutatások minőségének csökkenésével járna együtt?
Egyszer felvetették, hogy a szekvenálás túl drága, nehéz vagy időigényes a taxonómusok számára (pl, Dunn, 2003; Mallet és Willmott, 2003; Seberg et al., 2003). Az egyes taxonómusoknak azonban éppúgy nem kell saját szekvenálást végezniük, mint ahogyan az egyes fotósoknak sem kell saját fényképeket készíteniük. A vonalkódolás már a “fotomat” szakaszába lépett, és több tízezer példányt elemeznek alacsony költséggel nagy volumenű vonalkódoló létesítményekben (pl. a kanadai Guelphi Egyetemen és a Smithsonian Intézetben, USA). A taxonómiai munkatársakra nehezedő közvetlen “teher” az analitikai vonatot az azonosított, igazolt példányokból származó, vonalkódolásra szánt kis szövetminták biztosításával táplálja. Ahogy a mikrofluidikai technológiák a következő évtizedben kiérlelődnek, várhatóan olyan megfizethető, felhasználóbarát, kompakt – ha nem is kézi – készülékek kifejlesztésére lehet számítani, amelyek a DNS-kivonástól a vonalkódszekvencia elemzésén át az azonosításhoz szükséges összes fázist integrálják (a fényképezéssel való analógiában a “polaroid” szakasz felé történő elmozdulás). Bár elvárható, hogy az ilyen eszközök standard felszereléssé váljanak mind a taxonómiai kutatások, mind a szervezetek és magánszemélyek szélesebb köre számára, akiknek gyors hozzáférésre van szükségük a fajok azonosításához, ez természetesen nem jelenti azt, hogy a vonalkódolás a taxonómusokból molekuláris biológusok lesznek.
Hiszünk abban, hogy a DNS-vonalkódolás által biztosított eszközök szigorítani fogják a taxonómiai hipotézisek felállítását és tesztelését. A taxonómiát eddig általában az analóg (azaz a fokozatos morfológiai) tulajdonságok megszakításaiból következtettek a fajok határaira, és ez a megközelítés 250 év alatt összesen 1,7 millió taxonómiai hipotézist generált. A DNS-vonalkódolás lehetővé teszi, hogy ezeket a hipotéziseket független digitális (azaz DNS-nukleotid alapú) adatfolyam segítségével teszteljük. Bár a morfológiai megközelítéssel felismert fajok és a vonalkódokon alapuló elnevezések között jó a megfelelés, vannak eltérések is. Ezeket az eseteket üdvözölni kell, mivel megerősítik mind a rendszertani hipotéziseket, mind a vonalkódok közötti különbségek elemzésére szolgáló módszereket, és új felfedezésekhez vezethetnek az evolúció és az ökológia tekintetében. Mindezek az előnyök a korai vonalkódolási erőfeszítések során bebizonyosodtak.
Föltételezve, hogy a DNS-vonalkódolás technikai problémái leküzdhetők, költséghatékony-e most, vagy lesz-e valaha is a hagyományos módszerekhez képest a DNS-vonalkódok használata bioinventáriumi célokra?
A DNS-vonalkódolás egyik fő előnye és létjogosultsága a fajazonosítás költséghatékonyságában rejlik, különösen az ambiciózus bioinventáriumi és biomonitoring programok esetében (Smith et al., 2005). A jelenlegi helyzetben az alaposan ismert fajok kis csoportjának morfológiai módszerekkel történő azonosítására szolgáló gyártósoros rendszerek példányonként körülbelül 2 dollárba kerülnek (pl. 60-nál kevesebb fajjal foglalkozó szúnyogmegfigyelési programok; F. C. Hunter, személyes közlés). Ha egy taxonómiai szakemberekből álló csoport egy adott földrajzi területen élő fajok nagyobb csoportját veszi célba, a költségek jelentősen megnőnek, és egyetlen példány azonosítása 50-100 dollárba kerülhet, ha az összes költséget internalizáljuk. Ma egy DNS-vonalkódot példányonként körülbelül 5 dollárért lehet létrehozni, beleértve a munkát és a szekvenálást is – és ez a költség várhatóan zuhanni fog. Idővel a DNS-vonalkódolási programok önellátóvá válhatnak azáltal, hogy az azonosításokért csekély díjat számítanak fel, miközben a tudományos kutatók számára továbbra is fenntartják a nyílt hozzáférést.
A költség csak az egyik kritérium a taxonómiai támogató rendszer hasznosságának értékelésénél a biológiai sokféleség kutatásában. A gyorsaság, a megbízhatóság és a hozzáférhetőség ugyanilyen fontos, és úgy véljük, hogy a DNS-vonalkódolás ezeken a területeken kiemelkedő. Ezzel szemben még a kisebb léptékű, morfológián alapuló biomonitoring programok számára is komoly kihívást jelent jelenleg, hogy gyorsan és költséghatékonyan szolgáltassanak eredményeket. Ez drámai gazdasági következményekkel járhat, mint például a jelenlegi nehézségek az invazív fajok elég korai azonosításában ahhoz, hogy visszaszorítsanak egy járványt. Mégis, akár egyetlen káros betolakodó, például az észak-amerikai zebrakagyló kizárásának gazdasági haszna egy évtized után elegendő lett volna ahhoz, hogy a Föld legtöbb állatfaját vonalkóddal lássák el.
Egyetértünk azzal, hogy a hipotézisvezérelt tudomány dominál a kis léptékű finanszírozási versenyekben, és hogy a taxonómia rosszul áll a felfedezésvezérelt jellege miatt. Másrészt minden “nagy tudományos” kezdeményezés – a szubatomi fizikától az emberi genomon át az űrkutatásig – felfedezésvezérelt volt, és ez lesz az a finanszírozási színtér, ahol a globális DNS-strakkódolási program működni fog, ha megfelel a kihívásnak. A legtöbb más nagy tudományos projekthez hasonlóan a DNS-strichkódolással kapcsolatban is elhangzottak olyan állítások, hogy az “nem tudomány”, és hogy veszélyezteti a kisebb laboratóriumok képességét a hipotézisvezérelt kutatásra. A korábbi esetekben az ilyen állítások mindig rövidlátónak bizonyultak. Az ismételt megfigyelés az, hogy a nagyszabású felfedező tudomány frenetikus ütemben pörgeti a hipotéziseket, és olyan vizsgálati utakat tár fel, amelyeket soha nem lehetett volna előre látni. Ebben az értelemben a DNS-strichkódolással szemben megfogalmazott számos kritika figyelemre méltóan hasonlít azokra, amelyeket egy évtizeddel ezelőtt a humán genomprojekt kapcsán fogalmaztak meg.
A DNS-strichkódolásnak már sikerült jelentős finanszírozást szereznie különböző ügynökségektől és szervezetektől, amelyek nem voltak a rendszertan hagyományos finanszírozói, de ezt nem a “rendszertan” önmagában való eladásával érték el. Ehelyett a DNS-strakkódolási kezdeményezés az élet sokféleségének széles körben hozzáférhető leltárát hirdeti. Csak a társadalom számára jelentkező előnyök hangsúlyozásával és az adófizető lakosság érdeklődésének felkeltésével lehet támogatást szerezni egy globális biodiverzitási kezdeményezéshez. Ez természetesen nem jelenti azt, hogy a taxonómia más biológusok “high-tech szolgáltató iparává” válik, ahogyan azt egyesek sugallták (pl. Lipscomb et al., 2003; Wheeler, 2004; Will és Rubinoff, 2004). A DNS-vonalkódolás egyik fő célja, hogy a biológusok nem taxonómus többsége – és valójában bárki – számára lehetővé tegye a közvetlen hozzáférést a taxonómiai információkhoz, miközben a hivatásos taxonómusok a további ilyen tudás létrehozására összpontosíthatnak.
Pozíciónyilatkozat
Az eukarióta diverzitás morfológiai elemzésekkel történő leltározására tett erőfeszítések nagy sikert arattak. Az elmúlt 250 év alatt közel kétmillió taxonómiai hipotézis előállítása lenyűgöző teljesítmény, amely a biológiai sokféleség alapvető megértését biztosította, de sok részlet még tisztázásra vár. A DNS-vonalkódolás a fajok felfedezésének felgyorsításával, a jelenlegi rendszertani hipotézisek tesztelésével és a fajok azonosításának könnyebbé tételével segítheti az élet leltározását. Ezek a hozzájárulások nem az alapvető rendszertani értékek vagy a finanszírozás rovására történnek. A DNS-vonalkódolás nem törekszik arra, hogy “a morfológiai vizsgálatokat feladja egy szűk és teljes egészében molekuláris azonosítási rendszer javára” (Will és Rubinoff, 2004: 47). Inkább arra törekszik, hogy szövetségeket hozzon létre a molekuláris és morfológiai taxonómusok között (Hebert és Barrett, 2005). Arra is törekszik, hogy megőrizze azokat a Linné-féle elveket, amelyek alapján a fajokat megnevezik és osztályozzák. A DNS-vonalkódoláshoz a kalibráláshoz meglévő, morfológiailag származtatott fajnevekre van szükség, és ezeket a neveket kell visszanyerni, amikor a vonalkódolást használják az azonosításhoz.
Az általánosan elfogadott tény, hogy a biológiai sokféleség tanulmányozása súlyosan alulfinanszírozott (Godfray, 2002). Ezt nem könnyű a vizsgálat témájának tulajdonítani, mivel a biológiai sokféleséggel kapcsolatos tudomány fontos és nagy közérdeklődésre tart számot. Ez a kutatási terület azonban szenved a konfliktusok kultúrájától. Ahelyett, hogy nagyszabású együttműködéseket szerveznének, a biológiai sokféleséggel foglalkozó közösségben hagyománya van a polarizációnak és a belharcoknak. A DNS-vonalkódolás nem ismeretlen a szidalmaktól – “elméletileg üres technológiának” és “társasjátéknak” bélyegezték (Wheler, 2004; Will et al., 2005). Az ilyen megjegyzések és a DNS-strichkódolás hívei elleni ad hominem támadások párosulása nem tesz jó hírét a tudományágnak.
Egyes kritikusok azt állítják, hogy a DNS-strichkódolás megközelítése alapvetően hibás, de a rendelkezésre álló adatok egészen mást mondanak: a DNS-strichkódolás sikere eddig megdöbbentően lenyűgöző volt. Amint Smith (2005) megjegyzi, a barcoding jól szerepelt a PEET konferencián végrehajtott teszt során. Ami ennél is fontosabb, egy sor tanulmány vizsgálta a DNS-vonalkódolás hatékonyságát különböző földrajzi környezetben élő fajok és számos, eltérő élettörténeti és evolúciós jellemzőkkel rendelkező taxonómiai csoport fajegyütteseiben. Ezen érzékenységi tesztek következményeként ma már több mint 13 000 állatfajra vonatkozóan állnak rendelkezésre (és gyorsan gyarapodnak) vonalkódfelvételek, amelyek olyan felbontást mutatnak, amely nem illúzió (www.barcodinglife.org). Csoportról csoportra haladva a fajok azonosításának sikere meghaladja a 95%-ot, és az a néhány eset, amikor a felbontás romlott, a közeli rokon fajok egy kis csoportjának megkülönböztetésére való képtelenséget jelenti (Hebert et al., 2004a, 2004b; Hebert et al., nem publikált). A tipikus eredmények hasonlítanak az 1. ábrán látható eredményekhez, amely Észak-Amerika egyik legváltozatosabb Lepidoptera nemzetségének, az Acronicta 31 fajára vonatkozó DNS-vonalkód eltérések mintázatát mutatja. Ebben az esetben nincs bizonyíték a taxonok közötti szekvencia-megosztásra, ami akkor lenne várható, ha hibridizáció zajlana, vagy ha a fajok túl fiatalok lennének ahhoz, hogy megkülönböztetni lehessen őket. Ehelyett a fajok tisztán elkülönülnek egymástól, és az egypetéjűek vonalkódja koherens, még akkor is, ha Észak-Amerika keleti részén található különböző helyekről származnak.
Az Acronicta vonalkódjának eredményeiben nincs semmi kivételes – a sarkvidéki talajlakó gerinctelenekkel és a trópusi lepidopterákkal végzett vizsgálatok hasonló sikert mutatnak a fajok felbontásában (Hogg és Hebert, 2004; Janzen et al., 2005). Ez a teljesítmény a tengeri környezetre is kiterjed: egy vonalkódvizsgálat, amely több mint 200 morfológiailag meghatározott ausztrál halfajt vizsgált, 100%-os sikert hozott a megkülönböztetésükben (Ward és mtsai., 2005). A mitokondriális evolúciós ráták 10-szeres gradiensében végzett érzékenységi tesztek nagy sikert mutattak ki a fajok azonosításában mind a legalacsonyabb, mind a legmagasabb evolúciós rátájú rovarcsoportokból (Ball et al., 2005; Smith et al., 2005). A mitokondriális genom nukleotid-összetételében bekövetkező eltolódások hasonlóképpen nem befolyásolják a DNS-strakkódolás felbontóképességét, amit a magas G+C összetételű csoportok, például a madarak, és a szélsőséges A+T torzítású csoportok, például a pókok sikere is bizonyít (Hebert et al., 2004b; Barrett és Hebert, 2005).
Ha ezek a korábbi tanulmányok tükrözik a vonalkódok általános teljesítményét az egész állatvilágban, akkor egy átfogó cox1-alapú rendszer 99,99% feletti rendszertani felbontást fog biztosítani, ha az állatvilág szintjén vizsgáljuk. Ennek megértéséhez elég, ha a 2. ábrán látható 10 000 gödör mindegyikét egyetlen faj vonalkódadatainak tárolójaként képzeljük el. Feltételezve, hogy 10 millió állatfaj létezik, a birodalom vonalkódkönyvtárát mindössze 1000 ilyen oldal képviselheti. A globális madárvilág, amely körülbelül 10 000 madárfajból áll, csak egy ilyen oldalt foglalna el. A világ halainak vonalkódos nyilvántartása három oldalt foglalna el, míg a bogarak több száz oldalt töltenének meg. Amint mind a 10 millió lyuk megtelik vonalkódadatokkal, bármely új vonalkódszekvencia elemzése 1000-ből azonnal a megfelelő oldalra fog szállítani, 99,9%-os felbontást biztosítva. Sőt, az észak-amerikai madarak adatai alapján a vonalkódszekvencia tökéletes felbontást biztosít, mivel az esetek 96%-ában az egyes madarak oldalán található egyedi faj gödréhez vezet. A fennmaradó esetekben az újonnan gyűjtött vonalkód két vagy három szomszédos gödörben lévő szekvenciával fog megegyezni. Összefoglalva, egy rövid vonalkód a legtöbb esetben a 10 millió faj bármelyikének fajazonossági bizonytalanságát egyetlen fajra, más esetekben pedig a közeli rokon fajok egy kis részhalmazára fogja lecsökkenteni.
Egy olyan mátrix grafikus ábrázolása, amely 10 000 faj (pl. szinte az összes ismert madárfaj) vonalkódadatait tárolná. Ezer ilyen oldal 10 millió faj vonalkódrekordját tartalmazná. A fajmegjelölésen túl egy ilyen rendszer portálként szolgálna az adott fajra vonatkozó összes többi összegyűjtött információhoz, más átfogó biológiai adatbázisokba való hivatkozással.
Egy olyan mátrix grafikus ábrázolása, amely 10 000 faj (pl. szinte az összes ismert madárfaj) vonalkódadatait tárolná. Ezer ilyen oldal 10 millió faj vonalkódrekordját tartalmazná. Egy ilyen rendszer a fajok epithetonjának megadásán túlmenően portálként működne az adott fajra vonatkozó összes többi összegyűjtött információhoz, más átfogó biológiai adatbázisokhoz való kapcsolódás révén.
A finanszírozás jelenleg biztosítja, hogy az állatok DNS-vonalkódkönyvtára a következő 5 évben legalább 500 000 rekorddal bővüljön, ami mintegy 50 000 fajra nyújt fedezetet. Bár ez messze nem jelenti majd a fajok teljes nyilvántartását, lehetővé teszi, hogy a DNS-vonalkódok hatékony azonosító eszközként működjenek azon taxonómiai csoportok esetében, amelyek átfogó vonalkódrekordokkal rendelkeznek. Ahogy például a halak, madarak és kártevő rovarok vonalkóddal való lefedettsége közeledik a befejezéshez, ez nyílt hozzáférést fog biztosítani e fajok azonosításához, függetlenül az életszakasztól vagy állapottól. Ahogy a fajrekordok ezen magjához más állatok vonalkódjai is csatlakoznak, az élet ezen birodalmának globális azonosítási rendszere létre fog jönni.
Noha úgy véljük, hogy a vonalkódolás általánossága az állatvilágban már bizonyított, továbbra is szükség van a többi birodalomra vonatkozó vonalkódprotokollok létrehozására és értékelésére. A vonalkódelemzés alapelvei (a szekvenciacélok minimalizálása és standardizálása) minden bizonnyal alkalmazhatóak ezekre a szervezetekre, de a génrégiók kiválasztása és hatékonyságuk tesztelése még folyamatban van, bár a növényekre (Kress et al., 2005) és a protisztákra (G.W. Saunders, személyes közlés) vonatkozó korai eredmények optimizmusra adnak okot. Az ismert fajok elkülönítésében elért sikere mellett a DNS-vonalkódolás nagy segítséget jelent majd más rendszertani kérdések megoldásában is. Rendszeresen felfedeztek már figyelmen kívül hagyott fajokat, még olyan jól tanulmányozott csoportokban is, mint az észak-amerikai madarak (Hebert et al., 2004b), lepkék (Hebert et al., 2004a) és selyemlepkék (Janzen et al., 2005). Az életszakaszok (Beskansky et al., 2003) és nemek (Janzen et al., 2005) társításában, valamint a szinonímiák tisztázásában játszott szerepe számos más taxonómiai vizsgálatban is segítségünkre lesz.
Minden jelentős tudományos program aktiválása nemcsak erős tudományos indoklást igényel, hanem a társadalmi relevancia bizonyítását is. A DNS-strakkódolás ilyen relevanciát mutat azáltal, hogy új hozzáférést biztosít az azonosításokhoz különböző kontextusokban. Az élet megőrzésére irányuló erőfeszítéseket jelenleg az azonosító rendszer szükségessége korlátozza, és úgy véljük, hogy ezt az igényt csak a DNS-vonalkódolással lehet kielégíteni (lásd még Smith et al., 2005). A vonalkódok életfragmentumok azonosítására való képessége a piaci fajcserével kapcsolatos esetek megoldásától (Marko et al., 2004) az élelmiszerbiztonság védelméig terjedő alkalmazásokat kínál, például az állati takarmányok kérődzőkből származó hulladékok szűrésén keresztül. Általánosabban fogalmazva, a DNS-strakkódolás azon képessége, hogy gyorsan és olcsón képes azonosítást szolgáltatni, forradalmasíthatja az emberiség biológiai sokféleséghez való viszonyát (Janzen, 2004).
Ha a DNS-strakkódolás nagy léptékben folytatódik, fontos melléktermékeket fog létrehozni a tudományos közösség számára. Az utalványozott példányok vonalkódelemzése során keletkezett összes DNS-kivonatot tárolni fogják, ami lehetővé teszi a jövőbeni erőfeszítéseket más génterületeken a szekvencia-diverzitás mintázatainak vizsgálatára, és a DNS-vonalkódolás által kezdeményezett gyűjtőprogramok bővíteni fogják a morfológiai elemzésre rendelkezésre álló példányok körét. A vonalkód-kezdeményezés egy webalapú rendszert is létrehoz, amely nemcsak automatikus azonosítást biztosít, hanem a nyilvántartásban szereplő valamennyi fajra vonatkozó biológiai információkhoz is portálként szolgál. Bár a DNS-vonalkódolás nem fogja létrehozni az “élet enciklopédiáját”, de létrehozza annak indexét és tartalomjegyzékét.
A pozitív tudományos eredmények és a felismert társadalmi előnyök miatt egyre nagyobb a lelkesedés a nagyszabású DNS-vonalkódolási kezdeményezés iránt. A Cold Spring Harborban 2003 folyamán tartott két találkozó tisztázta a cselekvési terveket (Stoeckle, 2003), és további találkozókat követtek. A legutóbbi, amelynek a londoni Természettudományi Múzeum adott otthont, több mint 230 kutatót vonzott (Marshall, 2005). A vonalkód-mozgalomnak van egy központi szervező ereje is: a Consortium for the Barcode of Life (CBOL), amelynek a washingtoni Smithsonian Institution ad otthont, és amely 2004 közepén indult. A CBOL-hoz már több mint 80 szervezet csatlakozott 25 országból, köztük számos neves múzeum (www.barcoding.si.edu). Az első globális vonalkódkódkampányok a szervezet égisze alatt indultak el; ezek között szerepel az a terv, hogy 2010-ig mind a 10 000 madárfaj és mind a 15 000 tengeri hal vonalkódját megkódolják. Nyilvánvaló, hogy a munkának túl kell lépnie az egyes laboratóriumokon, hogy az ilyen nagyszabású projekteket meg lehessen oldani, és nemzeti vonalkódhálózatok alakulnak ki a mintaellátási láncok létrehozására és az alapvető analitikai létesítmények felügyeletére. Az első ilyen hálózat, a Canadian Barcode of Life Network, amely 2005 májusában kezdte meg működését (www), a következő 5 évben legalább 10 000 kanadai állatfajt kíván vonalkóddal ellátni.
A biológiai sokféleséggel foglalkozó közösség különböző szektorai közötti növekvő szinergia jeleit rendkívül reménykeltőnek tartjuk. Ha teljes potenciáljukat kiaknázzák, a történelem úgy tekinthet a DNS-vonalkódolásra, mint olyan vállalkozásra, amely nemcsak a rendszertani információkhoz való hozzáférést javítja, hanem a biológiai sokféleség dokumentálásában, megértésében és megőrzésében érdekeltek közötti szövetségeket is erősíti – ez valóban izgalmas kilátás.
Köszönet
Köszönjük Mark Stoeckle és Dan Janzen értékes átdolgozási javaslatait a cikk korábbi vázlataihoz. Hálásak vagyunk továbbá a Gordon és Betty Moore Alapítványnak, az NSERC-nek, a CFI-nek és az OIT-nek a Guelphi Egyetemen végzett DNS-vonalkódolási kutatások támogatásáért.
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
.
,
,
, vol.
pg.
,
,
.
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
,
.
,
,
,
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
,
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
.
,
,
, vol.
pg.
,
,
,
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
.
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
,
,
.
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
,
,
.
,
,
,
.
,
,
, vol.
(pg.
–
)
.
Leave a Reply