GROMACS Tutorials

Diese Tutorials sind als Einführungsmaterial in die Verwendung des Simulationspakets GROMACS gedacht. GROMACS ist eine freie, quelloffene Software und war stets einer der schnellsten (wenn nicht sogar der schnellste) Molekulardynamik-Codes auf dem Markt.

Es sind derzeit sieben Tutorials verfügbar:

1. Lysozym in Wasser: Dieses Tutorial soll neuen Benutzern eine grundlegende Einführung in die Werkzeuge geben, mit denen sie ein „typisches“ System mit GROMACS vorbereiten, ausführen und einfache Analysen durchführen können.
2. KALP15 in DPPC: Dieses Tutorial ist fortgeschrittener und richtet sich an erfahrenere Benutzer, die Membranproteine simulieren und die Struktur und Modifikation von Kraftfeldern verstehen wollen.
3. Umbrella Sampling: Dieses ebenfalls etwas fortgeschrittene Tutorial richtet sich an Benutzer, die lernen möchten, wie man mit Hilfe von Umbrella Sampling das Potential der mittleren Kraft (PMF) entlang eines einzelnen, linearen Freiheitsgrades berechnet.
4. Biphasische Systeme: Die Konstruktion eines zweiphasigen Cyclohexan-Wasser-Systems.
5. Protein-Ligand-Komplex: Das fünfte Tutorial zeigt dem Benutzer, wie man mit einem Protein-Ligand-System umgeht, wobei der Schwerpunkt auf der richtigen Ligandenparametrisierung und der Handhabung der Topologie liegt.
6. Freie Solvatationsenergie: Dieses Tutorial beschreibt das Verfahren zur Durchführung einer einfachen Berechnung der freien Energie, der Eliminierung von van der Waals-Wechselwirkungen zwischen einem einfachen Molekül (Methan) und Wasser. Kompliziertere Systeme werden besprochen.
7. Virtual Sites: Dieses Tutorial führt den Benutzer durch die manuelle Konstruktion virtueller Stellen für ein sehr einfaches lineares, triatomisches Molekül (CO2).

Alle diese Tutorials setzen voraus, dass Sie GROMACS Version 2018 oder neuer verwenden. Wenn Sie eine ältere Version verwenden, werden nicht alle der hier beschriebenen Funktionen funktionieren! Einige der .mdp-Optionen und Befehlszeilenargumente ändern sich zwischen den Versionen, insbesondere mit den neuen Funktionen, die in den Versionen 5.0 und 5.1 eingeführt wurden, und sogar einigen Änderungen seit der 2016.x-Serie. Wenn Sie eine andere Version verwenden, seien Sie vorgewarnt: Die Tutorials werden wahrscheinlich nicht wie erwartet funktionieren.

Am Ende jedes Tutorials finden Sie meine Kontaktinformationen, um Kommentare abzugeben oder etwas zu melden, das Sie für falsch halten. Ich weiß diese Art von Feedback wirklich zu schätzen, da es mir hilft, bessere Anleitungen zu entwerfen und Dinge zu korrigieren, die nicht klar sind (oder manchmal falsch, oops). Ich muss Sie bitten, mich nicht für allgemeine GROMACS-Hilfe oder Ratschläge zu Ihrem Projekt zu kontaktieren. Ich werde ständig mit Hilfeanfragen überschwemmt und habe einfach nicht die Zeit, allen zu helfen.

Ich hoffe, Sie finden diese Anleitungen nützlich. Wenn Sie diese Protokolle für Ihre Forschung verwenden, bitte ich Sie, das Papier zu zitieren, das den theoretischen Hintergrund dieser Tutorials erklärt:

J.A. Lemkul (2018) „From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0“ Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Happy simulating!

Für GROMACS-Installationsanweisungen, siehe hier.