Tutoriels GROMACS

Ces tutoriels sont conçus comme du matériel d’introduction à l’utilisation du paquet de simulation GROMACS. GROMACS est un logiciel libre et gratuit, et a toujours été l’un des codes de dynamique moléculaire les plus rapides (sinon le plus rapide) disponibles.

Il y a actuellement sept tutoriels disponibles :

1. Lysozyme dans l’eau : L’intention de ce tutoriel est de donner aux nouveaux utilisateurs une introduction de base aux outils utilisés pour préparer, exécuter et effectuer une analyse simple sur un système « typique » avec GROMACS.
2. KALP15 dans le DPPC : Ce tutoriel est plus avancé, et est conçu pour les utilisateurs plus expérimentés qui veulent simuler des protéines membranaires et comprendre la structure et la modification du champ de force.
3. Échantillonnage de parapluie : Également quelque peu avancé, ce tutoriel est destiné aux utilisateurs qui souhaitent apprendre à utiliser l’échantillonnage parapluie pour calculer le potentiel de force moyenne (PMF) le long d’un seul degré de liberté linéaire.
4. Systèmes biphasiques : La construction d’un système biphasique cyclohexane-eau.
5. Complexe protéine-ligand : Le cinquième tutoriel instruit l’utilisateur sur la façon de traiter un système protéine-ligand, en mettant l’accent sur la paramétrisation correcte du ligand et la manipulation de la topologie.
6. Énergie libre de solvatation : Ce tutoriel décrit la procédure pour effectuer un calcul d’énergie libre simple, l’élimination des interactions de van der Waals entre une molécule simple (méthane) et l’eau. Des systèmes plus compliqués sont discutés.
7. Sites virtuels : Ce tutoriel guide l’utilisateur dans la construction manuelle de sites virtuels pour une molécule triatomique linéaire très simple (CO2).

Tous ces tutoriels supposent que vous utilisez la version 2018 de GROMACS ou une version plus récente. Si vous utilisez une version plus ancienne, toutes les fonctionnalités détaillées ici ne fonctionneront pas ! Certaines des options .mdp et des arguments de ligne de commande changent d’une version à l’autre, notamment avec les nouvelles fonctionnalités introduites dans les versions 5.0 et 5.1, et même certains changements depuis la série 2016.x. Si vous utilisez une version différente, soyez prévenu : les tutoriels ne fonctionneront probablement pas comme prévu.

À la fin de chaque tutoriel, vous trouverez mes coordonnées afin de fournir des commentaires ou de signaler tout ce que vous trouvez incorrect. J’apprécie sincèrement ce genre de commentaires, car ils m’aident à concevoir de meilleurs tutoriels et à corriger les choses qui ne sont pas claires (ou parfois fausses, oups). Je dois vous demander de ne pas me contacter pour obtenir une aide générale sur GROMACS ou des conseils sur votre projet. Je suis continuellement inondé de demandes d’aide et je n’ai tout simplement pas le temps d’être utile à tout le monde.

J’espère que vous trouverez ces tutoriels utiles. Si vous utilisez ces protocoles pour vos recherches, je vous demande de citer l’article qui explique le contexte théorique de ces tutoriels :

J.A. Lemkul (2018) « From Proteins to Perturbed Hamiltonians : A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0 » Living J. Comp. Mol. Sci. sous presse. GitHub

Happy simulating!

Pour les instructions d’installation de GROMACS, référez-vous ici.