FlyBase : The Drosophila Database

FlyBase dispose d’un dépôt pour les images (flybase/allied-data/ images). Un projet, avec le Dr N. Patel, pour capturer des images de lignes de pièges à enhancer est en cours. Ces images seront liées à d’autres objets (par exemple, stocks, allèles) dans FlyBase.

Bien qu’il ne s’agisse pas de données alliées, FlyBase met à disposition le texte complet inchangé de Lindsley et Zimm ( 3 ) (avec la permission d’Academic Press) et conserve un fichier des erreurs dans ce livre qui ont été remarquées. Le texte de Lindsley et Grell ( 2 ), plus ancien, est également disponible sur FlyBase.

Mise en œuvre

FlyBase est construit avec un système de gestion de base de données relationnelle (Sybase). Le schéma actuel a été mis en œuvre pour la plupart des données et la plupart des fichiers auxquels on accède via les serveurs de FlyBase sont les produits des tables Sybase. Le schéma est maintenant étendu pour accueillir les cartes physiques et les séquences des principaux projets sur le génome de la drosophile.

Les données de FlyBase sont maintenues par des conservateurs travaillant à partir de la littérature et remplissant un formulaire standard qui est analysé dans les tables Sybase.

Accès

FlyBase fournit aux utilisateurs une variété de modes d’accès : WWW, gopher, ftp de fichiers plats et, via l’Encyclopédie de la drosophile , qui utilise une version ACeDB.

FlyBase est actuellement accessible sur trois sites, les universités de Harvard et d’Indiana. Le serveur WWW de FlyBase à Harvard (voir ci-dessous pour les adresses) donne accès aux outils de recherche CytoSearch (pour la recherche sur la base de la position de la carte cytologique) et SymbolSearch (pour la recherche par gène, aberration ou symbole de transposon, avec un support complet des jokers) ainsi qu’à l’ensemble des services de données de FlyBase disponibles sur le serveur d’Indiana. Le serveur de Harvard ne supporte que le protocole http, et nécessite donc un navigateur tel que Mosaic, Netscape ou Lynx. Le serveur d’Indiana prend en charge plusieurs protocoles, dont http, Gopher et ftp, et est accessible par un large éventail de clients. Les fichiers plats structurés produits par Sybase peuvent être interrogés, copiés ou consultés. Les utilisateurs de clients interactifs (par exemple Gopher+, Mosaic, Netscape) peuvent demander des stocks, mettre à jour ou ajouter au répertoire des travailleurs de la drosophile, et envoyer des courriels au consortium FlyBase depuis FlyBase.

Les fichiers plats dérivés des tables Sybase sont souvent disponibles dans plusieurs formats, et sont également indexés pour les requêtes. Par exemple, la bibliographie est disponible au format Unix REFER (qui peut être utilisé par de nombreux paquets bibliographiques) ainsi qu’aux formats texte et ‘comma separated values’. Les données génétiques sont disponibles dans des formats de texte lisibles et dans un format dans lequel les différents champs sont codés (ces derniers permettent aux utilisateurs d’écrire un code simple pour construire leurs propres requêtes sur les données).

FlyBase publie un sous-ensemble des données sous forme imprimée en tant que numéros spéciaux du Drosophila Information Service . Deux de ces numéros ont été publiés en juin 1994 : DIS 73 comprend des données sur les loci des gènes, la fonction des gènes et les synonymes des gènes et des allèles ; DIS 74 est une bibliographie de la littérature sur la drosophile pour la période 1982-1993.

FlyBase et le Berkeley Drosophila Genome Project publient conjointement The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (version 2, octobre 1995). Il s’agit d’une fusion de l’information contenue dans FlyBase avec les données du projet Berkeley, consultable via un client ACeDB. Ce projet de collaboration a impliqué la personnalisation d’ACeDB pour la drosophile (par Suzanna Lewis à Berkeley), un portage d’ACeDB sur des plates-formes Mac (par Cyrus Harmon à Berkeley) et une interface entre Sybase et ACeDB (par Eddy Welbourne à Cambridge). L’encyclopédie est disponible auprès de FlyBase sous forme de CD-ROM (pour les Mac) ou par ftp à partir du serveur Indiana FlyBase pour les plateformes Unix et Mac.

L’interaction avec la communauté des utilisateurs est vitale pour le succès de FlyBase. Nous encourageons la soumission de nouvelles données, la correction d’erreurs et les idées pour rendre cette base de données encore plus utile à la communauté.

Documentation

Un manuel de référence complet de FlyBase est disponible sur les serveurs FlyBase sous forme de fichiers texte ou Postscript (flybase/docs/Reference-manual.txt ; flybase/docs/Reference-manual.ps). Un manuel de l’utilisateur plus court est également disponible (flybase/docs/User-manual.txt et.ps) ainsi qu’une brève introduction ‘About FlyBase’ (flybase/About-fly-base).

Les nouvelles concernant les changements apportés à FlyBase sont publiées sur le groupe de nouvelles bionet. drosophila.

Référencer FlyBase

Nous suggérons que FlyBase soit référencé comme suit :

Nous suggérons que l’abréviation FB soit utilisée pour FlyBase, indépendamment du produit FlyBase particulier.

Adresses

Le serveur FlyBase de Harvard a l’URL http://morgan.harvard.edu/ .

Un CD-ROM de l’Encyclopédie de la drosophile (pour Macs) peut être acheté à un coût nominal auprès de Mme D. Palmer, Laboratoires biologiques, 16 Divinity Avenue, Université de Harvard, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

L’encyclopédie de la drosophile est disponible pour les systèmes Unix (Sun, SGI et DEC Alpha) et pour les Macs par ftp à partir de flybase.bio.indiana.edu (connexion avec le nom d’utilisateur eofd et le mot de passe FlyBase).

Les questions concernant le serveur FlyBase de l’Indiana peuvent être adressées à [email protected] .

Les demandes d’aide et les questions concernant FlyBase doivent être adressées à [email protected] . Les rapports d’erreurs dans FlyBase ou les mises à jour de données, doivent être adressés à [email protected] . Le courrier peut être adressé à FlyBase, Laboratoires biologiques, Université de Harvard, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, États-Unis.

Reconnaissances

FlyBase est soutenu par une subvention des National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). Il a également été soutenu par une subvention du Medical Research Council, Londres. John Merriam (UCLA) a été membre du consortium jusqu’en juillet 1994. Nous le remercions pour ses contributions inestimables.

Notes de l’auteur

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