CellProfiler / CellProfiler-Analyst

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CellProfiler Analyst permet une exploration et une analyse interactives des données,particulièrement à partir d’expériences à haut débit, basées sur l’image. Il comprend un système d’apprentissage automatique supervisé qui peut être entraîné à reconnaître des phénotypes complexes et subtils, pour la notation automatique de millions de cellules.

Installation

Télécharger CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst nécessite l’installation du JDK 1.8 d’être installé (pas seulement JRE).Vérifiez le chemin Java.

Veuillez noter qu’il s’agit de la branche de développement de CPA et qu’elle sera mise à jour régulièrement.

Trouver toutes les versions ici.

Pour un début, téléchargez un ensemble de données d’exemple ici : Exemple de jeu de données pour CPA (zippé)

Developer build

La construction de CPA sur votre machine nécessite des dépendances de CellProfiler. Consultez le wikifor pour des instructions d’installation plus détaillées.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformats

Documentation

Wiki

Forum

Le développement de l’analyste CellProfiler est discuté sur la liste du forum CellProfiler.

Comment déposer de nouveaux problèmes

Veuillez joindre suffisamment d’informations pour reproduire le bogue. Pour de nombreuxbugs, il est approprié de joindre un fichier de propriétés, un ensemble d’entraînement,ou une capture d’écran.

Comment citer

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh et Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst : exploration interactive des données, analyse et classification de grands ensembles d’images biologiques
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland et Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst : logiciel d’exploration et d’analyse de données pour les écrans complexes basés sur les images
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Contributeurs

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Couleur

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban

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