FlyBase: The Drosophila Database
FlyBase hat ein Depot für Bilder (flybase/allied-data/ images). Ein Projekt mit Dr. N. Patel zur Erfassung von Bildern von Enhancer-Fallenlinien ist im Gange. Diese Bilder werden mit anderen Objekten (z.B. Beständen, Allelen) in FlyBase verknüpft werden.
Obwohl es sich nicht um verbündete Daten handelt, stellt FlyBase den vollständigen, unveränderten Text von Lindsley und Zimm ( 3 ) zur Verfügung (mit Genehmigung von Academic Press) und führt eine Datei mit Fehlern in diesem Buch, die bemerkt wurden. Der Text der früheren Lindsley und Grell ( 2 ) ist ebenfalls auf FlyBase verfügbar.
Implementierung
FlyBase ist mit einem relationalen Datenbankmanagementsystem (Sybase) aufgebaut. Das derzeitige Schema wurde für die meisten Daten implementiert, und die meisten Dateien, auf die über die FlyBase-Server zugegriffen wird, sind die Produkte der Sybase-Tabellen. Das Schema wird jetzt erweitert, um physische Karten und Sequenzen aus den großen Drosophila-Genomprojekten aufzunehmen.
FlyBase-Daten werden von Kuratoren gepflegt, die anhand der Literatur arbeiten und ein Standardformular ausfüllen, das in die Sybase-Tabellen eingelesen wird.
Zugang
FlyBase bietet den Benutzern eine Vielzahl von Zugangsmöglichkeiten: WWW, Gopher, ftp von Flat Files und über die Enzyklopädie von Drosophila , die eine Version ACeDB verwendet.
FlyBase ist derzeit an drei Standorten zugänglich, an den Universitäten Harvard und Indiana. Der FlyBase-WWW-Server in Harvard (Adressen siehe unten) bietet Zugang zu den Suchwerkzeugen CytoSearch (für die Suche auf der Grundlage der zytologischen Kartenposition) und SymbolSearch (für die Suche nach Gen-, Aberrations- oder Transposonsymbolen, mit vollständiger Unterstützung von Wildcards) sowie Zugang zu allen FlyBase-Datendiensten, die über den Indiana-Server verfügbar sind. Der Harvard-Server unterstützt nur http und erfordert daher einen Browser wie Mosaic, Netscape oder Lynx. Der Server in Indiana unterstützt mehrere Protokolle, darunter http, Gopher und ftp, und ist für eine Vielzahl von Clients zugänglich. Strukturierte Flat Files, die von Sybase ausgegeben werden, können abgefragt, kopiert oder durchsucht werden. Benutzer interaktiver Clients (z. B. Gopher+, Mosaic, Netscape) können von FlyBase aus Bestände abfragen, das Verzeichnis der Drosophila-Arbeiter aktualisieren oder ergänzen und E-Mails an das FlyBase-Konsortium senden.
Die aus den Sybase-Tabellen abgeleiteten Flatfiles sind oft in verschiedenen Formaten verfügbar und werden für Abfragen indiziert. Zum Beispiel ist die Bibliographie im Unix-REFER-Format (das von vielen bibliographischen Paketen verwendet werden kann) sowie in Text- und „kommagetrennten Werten“ verfügbar. Die genetischen Daten liegen in lesbaren Textformaten und in einem Format vor, in dem verschiedene Felder kodiert sind (letzteres ermöglicht es den Benutzern, einfachen Code zu schreiben, um ihre eigenen Abfragen zu den Daten zu erstellen).
FlyBase veröffentlicht eine Teilmenge der Daten in gedruckter Form als Sonderausgaben des Drosophila Information Service . Zwei solcher Ausgaben wurden im Juni 1994 veröffentlicht: DIS 73 enthält Daten über Genorte, Genfunktionen und Synonyme von Genen und Allelen; DIS 74 ist eine Bibliographie der Drosophila-Literatur für den Zeitraum 1982-1993.
FlyBase und das Berkeley Drosophila Genome Project veröffentlichen gemeinsam The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (Version 2, Oktober 1995). Darin werden die Informationen in FlyBase mit den Daten des Berkeley-Projekts zusammengeführt, die über einen ACeDB-Client einsehbar sind. Dieses Gemeinschaftsprojekt umfasste die Anpassung von ACeDB für Drosophila (von Suzanna Lewis in Berkeley), eine Portierung von ACeDB auf Mac-Plattformen (von Cyrus Harmon in Berkeley) und eine Schnittstelle zwischen Sybase und ACeDB (von Eddy Welbourne in Cambridge). Die Enzyklopädie ist bei FlyBase als CD-ROM (für Macs) oder per ftp vom FlyBase-Server in Indiana für Unix- und Mac-Plattformen erhältlich.
Die Interaktion mit der Benutzergemeinschaft ist für den Erfolg von FlyBase entscheidend. Wir ermutigen zur Einreichung neuer Daten, zur Korrektur von Fehlern und zu Ideen, wie diese Datenbank für die Gemeinschaft noch nützlicher gemacht werden kann.
Dokumentation
Ein vollständiges FlyBase-Referenzhandbuch ist auf den FlyBase-Servern entweder als Text- oder als Postscript-Datei verfügbar (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). Ein kürzeres Benutzerhandbuch ist ebenfalls verfügbar (flybase/docs/User-manual.txt und.ps), ebenso wie eine kurze Einführung ‚About FlyBase‘ (flybase/About-fly-base).
Neuigkeiten über Änderungen an FlyBase werden in der bionet. drosophila news group veröffentlicht.
Referenzierung von FlyBase
Wir schlagen vor, dass FlyBase wie folgt referenziert wird:
Wir schlagen vor, dass die Abkürzung FB für FlyBase verwendet wird, unabhängig vom jeweiligen FlyBase-Produkt.
Adressen
Der Harvard FlyBase Server hat die URL http://morgan.harvard.edu/ .
Eine CD-ROM mit der Encyclopaedia of Drosophila (für Macs) kann gegen eine Schutzgebühr von Frau D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300) erworben werden.
Die Enzyklopädie von Drosophila ist für Unix-Systeme (Sun, SGI und DEC Alpha) und für Macs per ftp von flybase.bio.indiana.edu (Login mit Benutzernamen eofd und Passwort FlyBase) erhältlich.
Fragen zum Indiana FlyBase Server können an [email protected] gerichtet werden.
Hilfeanfragen und Fragen zu FlyBase sollten an [email protected] gerichtet werden. Berichte über Fehler in FlyBase oder Datenaktualisierungen sollten an [email protected] gerichtet werden. Post kann an FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA, gerichtet werden.
Danksagungen
FlyBase wird durch einen Zuschuss der National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research) unterstützt. Es wurde auch durch einen Zuschuss des Medical Research Council, London, unterstützt. John Merriam (UCLA) war bis Juli 1994 Mitglied des Konsortiums. Wir danken ihm für seine unschätzbaren Beiträge.
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