GROMACS-oppaat

Nämä oppaat on tarkoitettu johdantomateriaaliksi GROMACS-simulointipaketin käyttöön. GROMACS on ilmainen, avoimen lähdekoodin ohjelmisto, ja se on johdonmukaisesti ollut yksi nopeimmista (ellei nopein) saatavilla olevista molekyylidynamiikkakoodeista.

Tutoriaaleja on tällä hetkellä seitsemän:

1. Lysotsyymi vedessä:
2. KALP15 in DPPC: Tämä opetusohjelma on edistyneempi, ja se on suunniteltu kokeneemmille käyttäjille, jotka haluavat simuloida kalvoproteiineja ja ymmärtää voimakentän rakennetta ja modifikaatiota.
3. Umbrella Sampling: Myös hieman edistyneempi, tämä opetusohjelma on tarkoitettu käyttäjille, jotka haluavat oppia käyttämään sateenvarjo-otantaa keskimääräisen voiman potentiaalin (PMF) laskemiseen yhtä lineaarista vapausastetta pitkin.
4. Bifaasiset järjestelmät: Bifaasisen sykloheksaani-vesi-systeemin rakentaminen.
5. Proteiini-Ligandi-kompleksi: Viidennessä opetusohjelmassa opastetaan käyttäjää käsittelemään proteiini-Ligandi-systeemiä keskittyen ligandien oikeaan parametrisointiin ja topologian käsittelyyn.
6. Liukenemisen vapaa energia: Tässä opetusohjelmassa kuvataan menettely yksinkertaisen vapaan energian laskennan suorittamiseksi, van der Waalsin vuorovaikutusten eliminoimiseksi yksinkertaisen molekyylin (metaani) ja veden välillä. Monimutkaisempia systeemejä käsitellään.
7. Virtuaaliset paikat: Tämä opetusohjelma opastaa käyttäjää virtuaalisten paikkojen manuaalisessa rakentamisessa hyvin yksinkertaiselle lineaariselle kolmiatomiselle molekyylille (CO2).

Kaikki nämä opetusohjelmat olettavat, että käytät GROMACSin versiota 2018 tai uudempaa. Jos käytät vanhempaa versiota, kaikki tässä kuvatut ominaisuudet eivät toimi! Jotkin .mdp-optiot ja komentoriviargumentit muuttuvat versioiden välillä, erityisesti versioissa 5.0 ja 5.1 käyttöönotettujen uusien ominaisuuksien myötä, ja jopa joidenkin muutosten myötä 2016.x-sarjan jälkeen. Jos käytät eri versiota, ole varuillasi: opetusohjelmat eivät todennäköisesti toimi odotetulla tavalla.

Kunkin opetusohjelman lopussa on yhteystietoni, jotta voit antaa kommentteja tai ilmoittaa, jos havaitset jotain virheellistä. Arvostan aidosti tällaista palautetta, sillä se auttaa minua suunnittelemaan parempia opetusohjelmia ja korjaamaan asioita, jotka eivät ole selkeitä (tai joskus vääriä, hups). Pyydän, ettet ota minuun yhteyttä saadaksesi yleistä GROMACS-apua tai neuvoja projektiisi liittyen. Minut hukutetaan jatkuvasti avunpyyntöihin, eikä minulla yksinkertaisesti ole aikaa olla avuksi kaikille.

Toivottavasti löydät nämä opetusohjelmat hyödyllisiksi. Jos käytät näitä protokollia tutkimuksessasi, pyydän, että siteeraat artikkelia, joka selittää näiden ohjeiden teoreettisen taustan:

J.A. Lemkul (2018) ”From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Happy simulating!

GROMACSin asennusohjeet löytyvät täältä.