FlyBase: The Drosophila Database

FlyBasessa on kuvien tallennuspaikka (flybase/allied-data/ images). Tohtori N. Patelin kanssa on meneillään hanke, jossa otetaan kuvia tehostinloukkujen linjoista. Nämä kuvat tullaan linkittämään FlyBasen muihin objekteihin (esim. kantoihin, alleeleihin).

Vaikka FlyBase ei olekaan allied data, se tarjoaa saataville Lindsleyn ja Zimmin ( 3 ) täydellisen ja muuttumattoman tekstin (Academic Pressin luvalla) ja ylläpitää tiedostoa tässä kirjassa havaituista virheistä. Aiemman Lindsleyn ja Grellin ( 2 ) teksti on myös saatavilla FlyBasessa.

Toteutus

FlyBase on rakennettu relaatiotietokannan hallintajärjestelmällä (Sybase). Nykyinen skeema on toteutettu suurimmalle osalle tiedoista, ja useimmat FlyBase-palvelimien kautta käytettävät tiedostot ovat Sybase-taulujen tuotteita. Skeemaa laajennetaan parhaillaan siten, että siihen voidaan sisällyttää fyysisiä karttoja ja sekvenssejä tärkeimmistä Drosophilan genomihankkeista.

FlyBase-tietoja ylläpitävät kuraattorit, jotka työskentelevät kirjallisuuden pohjalta ja täyttävät vakiolomakkeen, joka jäsennetään Sybase-taulukoihin.

Käyttömahdollisuudet

FlyBase tarjoaa käyttäjille erilaisia käyttötapoja: WWW, gopher, ftp tasotiedostoista ja Drosophila-tietosanakirjan kautta, joka käyttää ACeDB-versiota.

FlyBase on tällä hetkellä käytettävissä kolmessa paikassa, Harvardin ja Indianan yliopistoissa. Harvardin FlyBase WWW-palvelimella (osoitteet ks. jäljempänä) pääsee käyttämään hakutyökaluja CytoSearch (haku sytologisen kartan sijainnin perusteella) ja SymbolSearch (haku geenin, poikkeavuuden tai transposonin symbolin perusteella, ja jokerimerkkejä tuetaan täysimääräisesti) sekä kaikkia Indianan palvelimen kautta saatavilla olevia FlyBase-tietopalveluja. Harvardin palvelin tukee vain http:tä, joten se vaatii selaimen, kuten Mosaicin, Netscapen tai Lynxin. Indianan palvelin tukee useita protokollia, kuten http:tä, Gopheria ja ftp:tä, ja sitä voi käyttää monenlaiset asiakkaat. Sybasen tuottamia strukturoituja tasotiedostoja voi kysyä, kopioida tai selata. Vuorovaikutteisten asiakkaiden (esim. Gopher+, Mosaic, Netscape) käyttäjät voivat pyytää varastoja, päivittää tai lisätä Drosophila-työntekijöiden hakemistoon ja lähettää sähköpostia FlyBase-konsortiolle FlyBasesta käsin.

Sybase-taulukoista johdetut tasotiedostot ovat usein saatavilla useissa eri muodoissa, ja ne on myös indeksoitu kyselyjä varten. Esimerkiksi bibliografia on saatavilla Unix REFER -muodossa (jota monet bibliografiapaketit voivat käyttää) sekä teksti- ja ”pilkulla erotettujen arvojen” muodossa. Geneettiset tiedot ovat saatavilla luettavassa tekstimuodossa ja muodossa, jossa eri kentät on koodattu (jälkimmäisen avulla käyttäjät voivat kirjoittaa yksinkertaista koodia rakentaakseen omia kyselyjä tiedoille).

FlyBase julkaisee osan tiedoista painetussa muodossa Drosophila Information Service -julkaisun erityisnumeroina. Kaksi tällaista numeroa julkaistiin kesäkuussa 1994: DIS 73 sisältää tietoja geenilokuksista, geenien toiminnasta sekä geenien ja alleelien synonyymeistä; DIS 74 on Drosophila-kirjallisuuden bibliografia vuosilta 1982-1993.

FlyBase ja Berkeley Drosophila Genome Project julkaisevat yhdessä The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (versio 2, lokakuu 1995). Siinä yhdistetään FlyBasen tiedot Berkeley-projektin tietoihin, joita voidaan tarkastella ACeDB-asiakasohjelman kautta. Tähän yhteistyöhankkeeseen on kuulunut ACeDB:n mukauttaminen Drosophilaa varten (Suzanna Lewis Berkeleyssä), ACeDB:n siirtäminen Mac-alustoille (Cyrus Harmon Berkeleyssä) ja rajapinta Sybasen ja ACeDB:n välille (Eddy Welbourne Cambridgessä). Tietosanakirja on saatavana FlyBasesta CD-ROM-levynä (Mac-tietokoneille) tai ftp:nä Indianan FlyBase-palvelimelta Unix- ja Mac-alustoille.

Vuorovaikutus käyttäjäyhteisön kanssa on elintärkeää FlyBasen menestyksen kannalta. Kannustamme lähettämään uusia tietoja, korjaamaan virheitä ja ideoita, joiden avulla tästä tietokannasta voidaan tehdä yhteisölle entistä hyödyllisempi.

Dokumentaatio

Täydellinen FlyBase-viitekäsikirja on saatavilla FlyBase-palvelimilta joko teksti- tai Postscript-tiedostoina (flybase/docs/Referenssikäsikirja.txt; flybase/docs/Referenssikäsikirja.ps). Lyhyempi käyttöopas on myös saatavilla (flybase/docs/User-manual.txt ja.ps) samoin kuin lyhyt johdanto ”About FlyBase” (flybase/About-fly-base).

Uutisia FlyBasen muutoksista lähetetään bionet. drosophila -uutisryhmään.

Viittaukset FlyBaseen

Ehdotamme, että FlyBaseen viitataan seuraavasti:

Ehdotamme, että FlyBasesta käytetään lyhennettä FB riippumatta siitä, mistä FlyBase-tuotteesta on kyse.

Addresses

Harvardin FlyBase-palvelimen URL-osoite on http://morgan.harvard.edu/ .

Drosophila Encyclopaedia of Drosophila -tietosanakirjan CD-ROM-levyn (Mac-tietokoneille) voi ostaa nimelliseen hintaan Ms D. Palmerilta, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

Encyclopaedia of Drosophila on saatavana Unix-järjestelmille (Sun, SGI ja DEC Alpha) ja Mac-tietokoneille ftp:llä osoitteesta flybase.bio.indiana.edu (kirjaudu sisään käyttäjätunnuksella eofd ja salasanalla FlyBase).

Indianan FlyBase-palvelinta koskevat kysymykset voi osoittaa osoitteeseen [email protected] .

FlyBasea koskevat avunpyynnöt ja kysymykset tulee osoittaa osoitteeseen [email protected] . Ilmoitukset FlyBasen virheistä tai tietojen päivityksistä on osoitettava osoitteeseen [email protected] . Posti voidaan osoittaa osoitteeseen FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Kiitokset

FlyBase-tietokantaa on tuettu National Institutes of Healthin (National Center for Human Genome Research) myöntämällä apurahalla. Sitä on myös tuettu Lontoon Medical Research Councilin myöntämällä apurahalla. John Merriam (UCLA) oli konsortion jäsen heinäkuuhun 1994 asti. Kiitämme häntä hänen korvaamattomasta panoksestaan.

Tekijän huomautukset