CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–.

Version	Documentation	Forum

CellProfiler-Analyst mahdollistaa interaktiivisen tutkimisen ja analysoinnin,erityisesti korkean läpimenon kuvapohjaisista kokeista saatuja tietoja. Mukana on valvottu koneoppimisjärjestelmä, joka voidaan kouluttaa tunnistamaan monimutkaisia ja hienovaraisia fenotyyppejä miljoonien solujen automaattista pisteytystä varten.

Asennus

Lataa CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst vaatii JDK 1.8 asennettuna (ei pelkkää JRE:tä).Tarkista Java-polku.

Huomaa, että tämä on CPA:n kehityshaara ja sitä päivitetään säännöllisesti.

Löydät kaikki julkaisut täältä.

Lataa esimerkkidatasetit täältä:

Developer build

CPA:n rakentaminen koneellesi vaatii CellProfiler-riippuvuudet. Tarkista wikistä tarkemmat asennusohjeet.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-ohjelmisto.bioformats

Dokumentaatio

Wiki

Foorumi

CellProfiler-analyytikon kehitystyöstä keskustellaan CellProfiler-foorumilistalla.

Uusien ongelmien jättäminen

Liitä mukaan riittävät tiedot vian toistamiseksi. Monien vikojen kohdalla on tarkoituksenmukaista liittää mukaan ominaisuustiedosto, harjoitussarja tai kuvakaappaus.

How to cite

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh ja Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interaktiivinen datan etsintä, analyysi ja luokittelu suurista biologisista kuvajoukoista
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland ja Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: datan etsintä- ja analyysiohjelmisto monimutkaisille kuvapohjaisille seuloille
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Osallistujat

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kunnianosoitukset

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol ja Mohammad Hossein Rohban

.