Tutoriales GROMACS

Estos tutoriales están diseñados como material de introducción al uso del paquete de simulación GROMACS. GROMACS es un software gratuito y de código abierto, y ha sido siempre uno de los códigos de dinámica molecular más rápidos (si no el más rápido) disponibles.

Actualmente hay siete tutoriales disponibles:

1. Lisozima en agua: La intención de este tutorial es dar a los nuevos usuarios una introducción básica en las herramientas utilizadas para preparar, ejecutar y realizar un análisis simple en un sistema «típico» con GROMACS.
2. KALP15 en DPPC: Este tutorial es más avanzado, y está diseñado para los usuarios más experimentados que quieren simular las proteínas de membrana y entender la estructura del campo de fuerza y la modificación.
3. Umbrella Sampling: También algo avanzado, este tutorial está destinado a los usuarios que desean aprender a utilizar el muestreo de paraguas para calcular el potencial de fuerza media (PMF) a lo largo de un solo grado de libertad lineal.
4. Sistemas bifásicos: La construcción de un sistema bifásico ciclohexano-agua.
5. Complejo proteína-ligando: El quinto tutorial instruye al usuario sobre cómo tratar un sistema proteína-ligando, con un enfoque en la parametrización adecuada del ligando y el manejo de la topología.
6. Energía Libre de Solvación: Este tutorial describe el procedimiento para llevar a cabo un simple cálculo de energía libre, la eliminación de las interacciones de van der Waals entre una molécula simple (metano) y el agua. Se discuten sistemas más complicados.
7. Sitios Virtuales: Este tutorial guía al usuario a través de la construcción manual de sitios virtuales para una molécula lineal y triatómica muy simple (CO2).

Todos estos tutoriales asumen que usted está usando GROMACS versión 2018 o más reciente. Si está utilizando una versión anterior, ¡no todas las características detalladas aquí funcionarán! Algunas de las opciones del .mdp y los argumentos de la línea de comandos cambian entre versiones, especialmente con las nuevas características introducidas en las versiones 5.0 y 5.1, e incluso algunos cambios desde la serie 2016.x. Si está utilizando una versión diferente, esté prevenido: es probable que los tutoriales no funcionen como se espera.

Al final de cada tutorial encontrará mi información de contacto para proporcionar comentarios o informar de cualquier cosa que encuentre incorrecta. Agradezco sinceramente este tipo de comentarios, ya que me ayudan a diseñar mejores tutoriales y a arreglar las cosas que no están claras (o que a veces están mal, ups). Debo pedirte que, por favor, no te pongas en contacto conmigo para pedir ayuda general sobre GROMACS o consejos sobre tu proyecto. Estoy continuamente inundado de peticiones de ayuda y simplemente no tengo tiempo para ser útil a todo el mundo.

Espero que encuentres estos tutoriales útiles. Si utiliza estos protocolos para su investigación, le pido que cite el documento que explica los antecedentes teóricos de estos tutoriales:

J.A. Lemkul (2018) «From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0» Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

¡Feliz simulación!

Para las instrucciones de instalación de GROMACS, consulte aquí.