FlyBase: The Drosophila Database
FlyBase tiene un depósito de imágenes (flybase/allied-data/ images). Se está llevando a cabo un proyecto, con el Dr. N. Patel, para capturar imágenes de líneas trampa de potenciadores. Estas imágenes se vincularán a otros objetos (por ejemplo, poblaciones, alelos) en FlyBase.
Aunque no son datos aliados, FlyBase pone a disposición el texto completo sin cambios de Lindsley y Zimm ( 3 ) (con permiso de Academic Press) y mantiene un archivo de los errores de este libro que se han advertido. El texto del anterior Lindsley y Grell ( 2 ) también está disponible en FlyBase.
Implementación
FlyBase está construido con un sistema de gestión de bases de datos relacionales (Sybase). El esquema actual ha sido implementado para la mayoría de los datos y la mayoría de los archivos a los que se accede a través de los servidores de FlyBase son producto de las tablas de Sybase. El esquema se está ampliando ahora para dar cabida a los mapas físicos y a las secuencias de los principales proyectos del genoma de Drosophila.
Los datos de FlyBase son mantenidos por conservadores que trabajan a partir de la literatura y rellenan un formulario estándar que se analiza en las tablas de Sybase.
Acceso
FlyBase proporciona a los usuarios una variedad de modos de acceso: WWW, gopher, ftp de archivos planos y, a través de la Enciclopedia de Drosophila , que utiliza una versión ACeDB.
FlyBase es actualmente accesible en tres sitios, las universidades de Harvard e Indiana. El servidor WWW de FlyBase en Harvard (véanse las direcciones más abajo) da acceso a las herramientas de búsqueda CytoSearch (para buscar en base a la posición del mapa citológico) y SymbolSearch (para buscar por gen, aberración o símbolo de transposón, con soporte completo de comodines), así como acceso al conjunto completo de servicios de datos de FlyBase disponibles a través del servidor de Indiana. El servidor de Harvard sólo admite http y, por tanto, requiere un navegador como Mosaic, Netscape o Lynx. El servidor de Indiana soporta múltiples protocolos, incluyendo http, Gopher y ftp y es accesible por una amplia gama de clientes. Los archivos planos estructurados que salen de Sybase están disponibles para consultar, copiar o navegar. Los usuarios de clientes interactivos (por ejemplo, Gopher+, Mosaic, Netscape) pueden solicitar existencias, actualizar o añadir al directorio de trabajadores de Drosophila, y enviar correos electrónicos al consorcio FlyBase desde FlyBase.
Los archivos planos derivados de las tablas de Sybase suelen estar disponibles en varios formatos, además de estar indexados para las consultas. Por ejemplo, la bibliografía está disponible en formato Unix REFER (que puede ser utilizado por muchos paquetes bibliográficos), así como en formatos de texto y «valores separados por comas». Los datos genéticos están disponibles en formatos de texto legibles y en un formato en el que los diferentes campos están codificados (esto último permite a los usuarios escribir un código sencillo para construir sus propias consultas sobre los datos).
FlyBase publica un subconjunto de los datos en forma impresa como números especiales del Drosophila Information Service . En junio de 1994 se publicaron dos de estos números: DIS 73 incluye datos sobre loci de genes, función de genes y sinónimos de genes y alelos; DIS 74 es una bibliografía de la literatura de Drosophila para el período 1982-1993.
FlyBase y el Berkeley Drosophila Genome Project publican conjuntamente The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (versión 2, octubre de 1995). Ésta presenta una fusión de la información de FlyBase con los datos del proyecto Berkeley que se pueden ver a través de un cliente ACeDB. Este proyecto de colaboración ha implicado la personalización de ACeDB para Drosophila (por Suzanna Lewis en Berkeley), un puerto de ACeDB para plataformas Mac (por Cyrus Harmon en Berkeley) y una interfaz entre Sybase y ACeDB (por Eddy Welbourne en Cambridge). La Enciclopedia está disponible en FlyBase en forma de CD-ROM (para Mac) o por ftp desde el servidor FlyBase de Indiana para plataformas Unix y Mac.
La interacción con la comunidad de usuarios es vital para el éxito de FlyBase. Alentamos el envío de nuevos datos, la corrección de errores y las ideas para hacer que esta base de datos sea aún más útil para la comunidad.
Documentación
Un completo Manual de Referencia de FlyBase está disponible en los servidores de FlyBase como archivos de texto o Postscript (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). También está disponible un manual de usuario más breve (flybase/docs/User-manual.txt y.ps), así como una breve introducción ‘About FlyBase’ (flybase/About-fly-base).
Las noticias sobre los cambios en FlyBase se publican en el grupo de noticias bionet. drosophila.
Referenciación de FlyBase
Sugerimos que se haga referencia a FlyBase de la siguiente manera:
Sugerimos que se utilice la abreviatura FB para FlyBase, independientemente del producto FlyBase concreto.
Direcciones
El servidor FlyBase de Harvard tiene la URL http://morgan.harvard.edu/ .
Un CD-ROM de la Enciclopedia de Drosophila (para Mac) puede adquirirse a un coste nominal en la Sra. D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).
La Enciclopedia de Drosophila está disponible para sistemas Unix (Sun, SGI y DEC Alpha) y para Macs por ftp desde flybase.bio.indiana.edu (iniciar sesión con nombre de usuario eofd y contraseña FlyBase).
Las preguntas sobre el servidor FlyBase de Indiana pueden dirigirse a [email protected] .
Las solicitudes de ayuda y las preguntas sobre FlyBase deben dirigirse a [email protected] . Los informes sobre errores en FlyBase o actualizaciones de datos, deben dirigirse a [email protected] . El correo puede dirigirse a FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.
Agradecimientos
FlyBase cuenta con el apoyo de una subvención de los National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). También ha recibido una subvención del Consejo de Investigación Médica de Londres. John Merriam (UCLA) fue miembro del consorcio hasta julio de 1994. Le agradecemos sus inestimables contribuciones.
Leave a Reply