CellProfiler / CellProfiler-Analyst

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CellProfiler Analyst permite la exploración y el análisis interactivos de datos,especialmente de experimentos de alto rendimiento basados en imágenes. Incluye un sistema de aprendizaje automático supervisado que puede ser entrenado para reconocer fenotipos complejos y sutiles, para la puntuación automática de millones de células.

Instalación

Descargar CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst requiere que se instale el JDK 1.Compruebe la ruta de Java.

Tenga en cuenta que esta es la rama de desarrollo de CPA y que se actualizará regularmente.

Encuentre todas las versiones aquí.

Para empezar, descargue el conjunto de datos de ejemplo aquí: Example Dataset for CPA (zipped)

Developer build

La construcción de CPA en su máquina requiere dependencias de CellProfiler. Compruebe la wikifor instrucciones de instalación más detalladas.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformatos

Documentación

Wiki

Foro

El desarrollo de CellProfiler Analyst se discute en la lista del Foro de CellProfiler.

Cómo presentar nuevas incidencias

Por favor, adjunte suficiente información para reproducir el error. Para muchosbugs, es apropiado adjuntar un archivo de propiedades, un conjunto de entrenamiento o una captura de pantalla.

Cómo citar

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh y Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: exploración interactiva de datos, análisis y clasificación de grandes conjuntos de imágenes biológicas
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland y Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: software de exploración y análisis de datos para pantallas complejas basadas en imágenes
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Contribuidores

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban