GROMACS Tutorials

Disse tutorials er designet som introduktionsmateriale til brugen af GROMACS-simuleringspakken. GROMACS er gratis software med åben kildekode og har konsekvent været en af de hurtigste (hvis ikke den hurtigste) molekylærdynamiske koder, der findes.

Der er i øjeblikket syv tutorials til rådighed:

1. Lysozym i vand: Hensigten med denne tutorial er at give nye brugere en grundlæggende introduktion til de værktøjer, der bruges til at forberede, køre og udføre enkle analyser på et “typisk” system med GROMACS.
2. KALP15 i DPPC: Denne tutorial er mere avanceret og er designet til mere erfarne brugere, der ønsker at simulere membranproteiner og forstå kraftfeltstruktur og -modifikation.
3. Umbrella Sampling: Denne tutorial er mere avanceret og er designet til mere erfarne brugere, der ønsker at simulere membranproteiner og forstå kraftfeltstruktur og -modifikation.
4. Umbrella Sampling: Denne tutorial er også noget avanceret og henvender sig til brugere, der ønsker at lære at bruge paraplyprøvetagning til at beregne potentialet for middelkraft (PMF) langs en enkelt, lineær frihedsgrad.
5. Bifasiske systemer: Denne tutorial er beregnet til brugere, der ønsker at lære at bruge paraplyprøvetagning til at beregne potentialet for middelkraft (PMF) langs en enkelt, lineær frihedsgrad: Opbygning af et bifasisk cyclohexan-vand-system.
6. Protein-Ligand-kompleks: Den femte tutorial instruerer brugeren i, hvordan man håndterer et protein-ligand-system, med fokus på korrekt ligand-parametrisering og topologihåndtering.
7. Opløsningsenergiens frie energi: Denne vejledning beskriver proceduren for udførelse af en simpel beregning af fri energi, eliminering af van der Waals-interaktioner mellem et simpelt molekyle (metan) og vand. Mere komplicerede systemer diskuteres.
8. Virtuelle steder: Denne vejledning guider brugeren gennem manuel konstruktion af virtuelle steder for et meget simpelt lineært, triatomært molekyle (CO2).

Alle disse vejledninger forudsætter, at du bruger GROMACS version 2018 eller nyere. Hvis du bruger en ældre version, vil ikke alle de funktioner, der er beskrevet her, fungere! Nogle af .mdp-optionerne og kommandolinjeargumenterne ændres mellem versionerne, især med de nye funktioner, der blev indført i versionerne 5.0 og 5.1, og endda nogle ændringer siden 2016.x-serien. Hvis du bruger en anden version, skal du være advaret: Vejledningerne vil sandsynligvis ikke fungere som forventet.

I slutningen af hver vejledning finder du mine kontaktoplysninger, så du kan give kommentarer eller rapportere noget, som du finder forkert. Jeg sætter oprigtigt pris på denne form for feedback, da det hjælper mig med at designe bedre tutorials og rette ting, der ikke er klare (eller nogle gange forkerte, ups). Jeg må bede dig om ikke at kontakte mig for at få generel GROMACS-hjælp eller råd om dit projekt. Jeg bliver konstant oversvømmet med anmodninger om hjælp, og jeg har simpelthen ikke tid til at være behjælpelig over for alle.

Jeg håber, at du finder disse tutorials nyttige. Hvis du bruger disse protokoller til din forskning, beder jeg dig om at citere den artikel, der forklarer den teoretiske baggrund for disse tutorials:

J.A. Lemkul (2018) “From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0” Living J. Comp. Mol. Sci. In Press. GitHub

Happy simulating!

For GROMACS installationsinstruktioner, se her.