FlyBase: The Drosophila Database

FlyBase har et depot for billeder (flybase/allied-data/ images). Et projekt med Dr. N. Patel om at optage billeder af enhancer trap-linjer er i gang. Disse billeder vil blive knyttet til andre objekter (f.eks. bestande, alleler) i FlyBase.

Selv om det ikke er allied data, stiller FlyBase den komplette uændrede tekst af Lindsley og Zimm ( 3 ) til rådighed (med tilladelse fra Academic Press) og fører en fil over fejl i denne bog, som er blevet bemærket. Teksten til den tidligere Lindsley og Grell ( 2 ) er også tilgængelig på FlyBase.

Implementering

FlyBase er opbygget med et relationelt databasestyringssystem (Sybase). Det nuværende skema er blevet implementeret for de fleste data, og de fleste filer, som der er adgang til via FlyBase-serverne, er produkter af Sybase-tabellerne. Skemaet er nu ved at blive udvidet til at rumme fysiske kort og sekvenser fra de store Drosophila-genomprojekter.

FlyBase-data vedligeholdes af kuratorer, der arbejder ud fra litteraturen og udfylder en standardformular, som analyseres i Sybase-tabellerne.

Access

FlyBase giver brugerne en række forskellige adgangsmuligheder: WWW, gopher, ftp af flade filer og via Encyclopaedia of Drosophila , som anvender en version ACeDB.

FlyBase er i øjeblikket tilgængelig på tre steder, Harvard- og Indiana-universiteterne. FlyBase WWW-serveren på Harvard (se nedenstående adresser) giver adgang til søgeværktøjerne CytoSearch (til søgning på grundlag af cytologisk kortposition) og SymbolSearch (til søgning efter gen, aberration eller transposonsymbol, med fuld understøttelse af wild cards) samt adgang til alle de FlyBase-datatatjenester, der er tilgængelige via Indiana-serveren. Harvard-serveren understøtter kun http og kræver derfor en browser som f.eks. Mosaic, Netscape eller Lynx. Serveren i Indiana understøtter flere protokoller, herunder http, Gopher og ftp, og er tilgængelig for en bred vifte af klienter. Strukturerede flade filer, der produceres af Sybase, kan bruges til at forespørge, kopiere eller gennemse. Brugere af interaktive klienter (f.eks. Gopher+, Mosaic, Netscape) kan anmode om lagre, opdatere eller tilføje til kataloget over Drosophila-medarbejdere og sende e-mail til FlyBase-konsortiet inde fra FlyBase.

De flade filer, der er afledt af Sybase-tabellerne, er ofte tilgængelige i flere forskellige formater, ligesom de er indekseret med henblik på forespørgsler. Bibliografien er f.eks. tilgængelig i Unix REFER-format (som kan bruges af mange bibliografiske pakker) samt i tekst- og “comma separated values”-formater. De genetiske data er tilgængelige i læsbare tekstformater og i et format, hvor forskellige felter er kodet (sidstnævnte giver brugerne mulighed for at skrive simpel kode til at konstruere deres egne forespørgsler på dataene).

FlyBase udgiver en delmængde af dataene i trykt form som særlige numre af Drosophila Information Service . To sådanne numre blev offentliggjort i juni 1994: DIS 73 indeholder data om genloci, genfunktion og synonymer for gener og alleler; DIS 74 er en bibliografi over Drosophila-litteraturen for perioden 1982-1993.

FlyBase og Berkeley Drosophila Genome Project udgiver i fællesskab The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (version 2, oktober 1995). Denne indeholder en sammensmeltning af oplysningerne i FlyBase med data fra Berkeley-projektet, der kan ses via en ACeDB-klient. Dette samarbejdsprojekt har omfattet en tilpasning af ACeDB til Drosophila (af Suzanna Lewis i Berkeley), en tilpasning af ACeDB til Mac-platforme (af Cyrus Harmon i Berkeley) og en grænseflade mellem Sybase og ACeDB (af Eddy Welbourne i Cambridge). Encyklopædien kan fås fra FlyBase som cd-rom (til Mac) eller via ftp fra Indiana FlyBase-serveren for Unix- og Mac-platforme.

Interaktion med brugerkredsen er afgørende for FlyBase’s succes. Vi opfordrer til indsendelse af nye data, rettelse af fejl og ideer til at gøre denne database til endnu større nytte for fællesskabet.

Dokumentation

En komplet FlyBase Reference Manual er tilgængelig fra FlyBase-serverne som enten tekst- eller Postscript-filer (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). En kortere brugermanual er også tilgængelig (flybase/docs/User-manual.txt og.ps), ligesom en kort introduktion “About FlyBase” (flybase/About-fly-base).

Nyheder om ændringer i FlyBase sendes til bionet. drosophila news group.

Referencer til FlyBase

Vi foreslår, at der henvises til FlyBase på følgende måde:

Vi foreslår, at forkortelsen FB anvendes for FlyBase, uanset hvilket FlyBase-produkt der er tale om.

Adresser

Harvard FlyBase-serveren har URL http://morgan.harvard.edu/ .

En cd-rom med Encyclopaedia of Drosophila (til Mac-computere) kan købes for en beskeden pris hos D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

The Encyclopaedia of Drosophila er tilgængelig til Unix-systemer (Sun, SGI og DEC Alpha) og til Macs via ftp fra flybase.bio.indiana.edu (login med brugernavn eofd og password FlyBase).

Spørgsmål om Indiana FlyBase-serveren kan rettes til [email protected] .

Anmodninger om hjælp og spørgsmål om FlyBase skal rettes til [email protected] . Rapporter om fejl i FlyBase eller opdateringer af data skal sendes til [email protected] . Post kan rettes til FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Anerkendelser

FlyBase er støttet af et tilskud fra National Institutes of Health (National Center for Human Genome Research). Det er også blevet støttet af et tilskud fra Medical Research Council, London. John Merriam (UCLA) var medlem af konsortiet indtil juli 1994. Vi takker ham for hans uvurderlige bidrag.

Author notes