Det grundlæggende i 2D DIGE

Teknikken med todimensionel (2D) gelelektroforese er et kraftfuldt redskab til adskillelse af komplekse blandinger af proteiner, men siden dens indførelse i midten af 1970’erne har den fået det stigma at være en meget vanskelig applikation at mestre og blev generelt brugt optimalt af eksperter. Indførelsen af kommercielt tilgængelige immobiliserede pH-gradienter i begyndelsen af 1990’erne gav øget reproducerbarhed og nemmere protokoller, hvilket førte til en markant stigning i teknikkenes popularitet. Variation fra gel til gel var dog stadig vanskelig at kontrollere uden brug af tekniske replikater. I midten af 1990’erne (samtidig med fødslen af “proteomics”) blev konceptet med multiplexing af fluorescerende mærkede proteiner til 2D-gelseparation realiseret af Jon Mindens gruppe og har ført til muligheden for at designe eksperimenter til praktisk talt at eliminere gel-til-gel-variationen, hvilket har resulteret i biologiske replikater, der anvendes til statistisk analyse med mulighed for at påvise meget små ændringer i den relative proteinhyppighed. Denne teknologi kaldes 2D difference gelelektroforese (2D DIGE).