CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

Version	Documentation	Forum

CellProfiler Analyst giver mulighed for interaktiv udforskning og analyse af data,især fra billedbaserede eksperimenter med højt gennembrud. Inkluderet er et overvåget maskinlæringssystem, som kan trænes til at genkende komplekse og subtile fænotyper, til automatisk scoring af millioner af celler.

Installation

Download CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst kræver JDK 1.8 (ikke kun JRE).Tjek Java-stien.

Bemærk venligst, at dette er udviklingsgrenen af CPA, og at den vil blive opdateret regelmæssigt.

Find alle udgivelser her.

For at få et forspring kan du downloade et eksempel på datasæt her: Eksempel datasæt til CPA (zippet)

Developer build

Bygning af CPA på din maskine kræver CellProfiler-afhængigheder. Se wikifor mere detaljerede installationsinstruktioner.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformater

Dokumentation

Wiki

Forum

CellProfiler Analytikerudvikling diskuteres på CellProfiler-forumlisten.

Sådan indsender du nye problemer

Bilag venligst tilstrækkelige oplysninger til at reproducere fejlen. For mangebugs er det passende at vedhæfte en egenskabsfil, et træningssæt eller et skærmbillede.

Sådan citeres

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh og Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland og Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: Data Exploration and Analysis Software for Complex Image-based Screens
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Bidragsydere

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Kudos

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban