Výukové programy GROMACS

Tyto výukové programy jsou určeny jako úvodní materiál k používání simulačního balíku GROMACS. GROMACS je bezplatný software s otevřeným zdrojovým kódem a trvale patří mezi nejrychlejší (ne-li nejrychlejší) dostupné kódy pro molekulární dynamiku.

V současné době je k dispozici sedm výukových materiálů:

1. Lysozym ve vodě:
2. KALP15 v DPPC: Tento tutoriál je pokročilejší a je určen pro zkušenější uživatele, kteří chtějí simulovat membránové proteiny a pochopit strukturu a modifikaci silového pole.
3. Umbrella Sampling: Tento tutoriál je určen pro zkušenější uživatele, kteří chtějí simulovat membránové proteiny a pochopit strukturu a modifikaci silového pole:
4. Dvoufázové systémy: Tento tutoriál je také poněkud pokročilejší a je určen pro uživatele, kteří se chtějí naučit používat deštníkové vzorkování k výpočtu potenciálu střední síly (PMF) podél jednoho lineárního stupně volnosti:
5. Komplex protein-ligand: Pátý tutoriál instruuje uživatele, jak pracovat se systémem protein-ligand, se zaměřením na správnou parametrizaci ligandu a práci s topologií.
6. Volná energie rozpouštění: Tento tutoriál popisuje postup při provádění jednoduchého výpočtu volné energie, eliminaci van der Waalsových interakcí mezi jednoduchou molekulou (metan) a vodou. Diskutovány jsou i složitější systémy.
7. Virtuální místa:

Všechny tyto výukové programy předpokládají, že používáte GROMACS verze 2018 nebo novější. Pokud používáte starší verzi, nebudou všechny zde podrobně popsané funkce fungovat! Některé volby .mdp a argumenty příkazového řádku se mezi verzemi mění, zejména s novými funkcemi zavedenými ve verzích 5.0 a 5.1, a dokonce i s některými změnami od verze 2016.x. Pokud používáte jinou verzi, mějte se na pozoru: výukové programy pravděpodobně nebudou fungovat podle očekávání.

Na konci každého výukového programu najdete mé kontaktní údaje, abyste mohli poskytnout komentář nebo nahlásit cokoli, co považujete za nesprávné. Takové zpětné vazby si upřímně vážím, protože mi pomáhá navrhovat lepší výukové programy a opravovat věci, které nejsou jasné (nebo někdy chybné, ups). Musím vás požádat, abyste se na mě neobraceli s žádostí o obecnou pomoc nebo radu ohledně vašeho projektu GROMACS. Jsem neustále zavalen žádostmi o pomoc a jednoduše nemám čas být nápomocen každému.

Doufám, že pro vás budou tyto návody užitečné. Pokud tyto protokoly použijete pro svůj výzkum, žádám vás, abyste citovali článek, který vysvětluje teoretické pozadí těchto návodů:

J.A. Lemkul (2018) „From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package, v1.0“ Living J. Comp. Mol. Sci. v tisku. GitHub

Šťastnou simulaci!

Pokyny k instalaci GROMACS najdete zde.