HHpred

Můžete pomoci EcoliWiki úpravou obsahu této stránky. Informace o tom, jak se stát registrovaným uživatelem a získat editační práva, naleznete v Nápověda:Účty.

<ochrana>

HHpred

Detekce vzdálených homologií porovnáváním skrytých Markovových modelů

Dep. Evoluce proteinů na Institutu Maxe Plancka pro vývojovou biologii

editovat tabulku

</ochrana>

Krátký popis

Podělte se o své znalosti a nápady. Jak můžete pomoci. Pokud potřebujete pomoc s používáním wiki, podívejte se na stránky nápovědy

Domovská stránka

HHsearch je program pro vyhledávání proteinových sekvencí, který je zdarma pro nekomerční použití. HHpred je bezplatný server pro predikci funkce a struktury proteinů založený na metodě HHsearch. HHpred/HHsearch patří mezi nejoblíbenější metody pro předpovídání struktury proteinů a detekci vzdáleně příbuzných sekvencí, které byly citovány více než 380krát.

Vyhledávání sekvencí často provádějí biologové, aby z jejich sekvence odvodili funkci neznámého proteinu. Za tímto účelem se sekvence proteinu porovnává se sekvencemi jiných proteinů ve veřejných databázích a jeho funkce se odvozuje ze sekvencí nejpodobnějších. Při takovém hledání často nelze nalézt žádné sekvence s anotovanou funkcí. V takovém případě je třeba použít citlivější metody k identifikaci vzdálenějších příbuzných proteinů nebo proteinových rodin. Z těchto příbuzností lze odvodit hypotézy o funkcích, struktuře a složení domén proteinu. HHsearch provádí vyhledávání pomocí proteinové sekvence v databázích. Server HHpred a softwarový balíček HHsearch nabízejí mnoho populárních, pravidelně aktualizovaných databází, jako je Protein Data Bank a také databáze InterPro, Pfam, COG a SCOP.

HHpred/HHsearch patří do třídy nástrojů pro porovnávání profilů, která zahrnuje dosud nejcitlivější metody vyhledávání sekvencí. Reprezentují jak dotazovanou sekvenci, tak databázové sekvence pomocí sekvenčních profilů, které se také nazývají pozičně specifické skórovací matice (PSSM). Profily se vypočítávají z vícenásobného zarovnání příbuzných sekvencí, které se obvykle shromažďují pomocí programu PSI-BLAST z Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI). Profil je matice obsahující pro každou pozici v dotazované sekvenci skóre podobnosti pro 20 aminokyselin. Tato skóre se vypočítávají z četností aminokyselin na odpovídajících pozicích v zarovnání vícenásobných sekvencí. Protože profily obsahují mnohem více informací než jedna sekvence (např. pozičně specifický stupeň zachování), jsou metody porovnávání profilů mnohem výkonnější než metody porovnávání sekvence-sekvence, jako je BLAST, nebo metody porovnávání profilů-sekvence, jako je PSI-BLAST.

HHpred/HHsearch reprezentuje dotazovací a databázové proteiny pomocí profilových skrytých Markovových modelů (HMM), což je rozšíření sekvenčních profilů, které také zaznamenávají pozičně specifické frekvence vložení a odstranění aminokyselin. HHsearch prohledává databázi HMM pomocí dotazovacího HMM. Před zahájením vyhledávání v aktuální databázi HMM sestaví HHsearch/HHpred vícenásobné sekvenční zarovnání příbuzných sekvencí pomocí kontextově specifické verze PSI-BLAST, nazývané CSI-BLAST. Z tohoto zarovnání se vypočítá profil HMM. Databáze obsahují HMM, které jsou předpočítány stejným způsobem pomocí PSI-BLAST. Výstupem HHpred a HHsearch je seřazený seznam databázových shod (včetně hodnot E a pravděpodobností pro pravdivý vztah) a párových zarovnání sekvencí dotaz-databáze. Prohledání databáze PDB proteinů s vyřešenou 3D strukturou trvá několik minut. Pokud je v databázi PDB nalezena významná shoda s proteinem se známou strukturou („šablona“), umožňuje HHpred sestavit homologický model pomocí softwaru MODELLER, přičemž se vychází z párového zarovnání dotaz-šablona.

Použití HHpred/HHsearch zahrnuje predikci struktury proteinů, predikci funkce, predikci domén, predikci hranic domén a evoluční klasifikaci proteinů. Ve srovnávacím experimentu CASP7 se HHpred5 umístil na 2. místě z 68 serverů pro automatickou predikci struktury, přičemž byl více než 50krát rychlejší než 20 nejlepších serverů.

Odkazy

http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

http://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/hhpred

Požadavky

Webserver

Poznámky k serveru

Stránky CASP: http://predictioncenter.org/

Detekce homologie proteinů vnějších membrán: HHomp

Podívejte se do Nápověda:Reference, jak spravovat reference v EcoliWiki.

.