FlyBase: Drosophila Database

FlyBase má úložiště obrázků (flybase/allied-data/ images). Ve spolupráci s Dr. N. Patelem probíhá projekt pořizování snímků linií enhancerových pastí. Tyto obrázky budou propojeny s dalšími objekty (např. zásobami, alelami) v databázi FlyBase.

Ačkoli se nejedná o allied data, databáze FlyBase zpřístupňuje kompletní nezměněný text Lindsleyho a Zimma ( 3 ) (se svolením nakladatelství Academic Press) a uchovává soubor chyb v této knize, které byly zaznamenány. Text starší knihy Lindsleyho a Grella ( 2 ) je rovněž k dispozici na FlyBase.

Implementace

FlyBase je vytvořena pomocí relačního systému pro správu databází (Sybase). Současné schéma bylo implementováno pro většinu dat a většina souborů přístupných prostřednictvím serverů FlyBase je produktem tabulek Sybase. Schéma se nyní rozšiřuje o fyzické mapy a sekvence z hlavních projektů genomu Drosophily.

Údržbu dat v databázi FlyBase zajišťují kurátoři, kteří pracují s literaturou a vyplňují standardní formulář, který je analyzován do tabulek Sybase.

Přístup

FlyBase poskytuje uživatelům různé způsoby přístupu: WWW, gopher, ftp plochých souborů a prostřednictvím Encyclopaedia of Drosophila , která používá verzi ACeDB.

FlyBase je v současné době přístupná na třech místech, na Harvardově univerzitě a na univerzitě v Indianě. WWW server FlyBase na Harvardu (adresy viz níže) umožňuje přístup k vyhledávacím nástrojům CytoSearch (pro vyhledávání na základě pozice na cytologické mapě) a SymbolSearch (pro vyhledávání podle symbolu genu, aberace nebo transpozonu, s plnou podporou divokých karet), jakož i přístup ke kompletní sadě datových služeb FlyBase dostupných prostřednictvím serveru v Indianě. Harvardský server podporuje pouze http, a proto vyžaduje prohlížeč jako Mosaic, Netscape nebo Lynx. Server v Indianě podporuje více protokolů, včetně http, Gopher a ftp, a je přístupný široké škále klientů. Strukturované ploché soubory, které jsou výstupem ze Sybase, jsou k dispozici pro dotazování, kopírování nebo prohlížení. Uživatelé interaktivních klientů (např. Gopher+, Mosaic, Netscape) si mohou z databáze FlyBase vyžádat zásoby, aktualizovat je nebo přidávat do adresáře pracovníků Drosophila a posílat e-maily konsorciu FlyBase.

Ploché soubory odvozené z tabulek Sybase jsou často k dispozici v několika formátech a jsou také indexovány pro dotazy. Například bibliografie je k dispozici ve formátu Unix REFER (který může být použit mnoha bibliografickými balíky) a také ve formátech text a „comma separated values“. Genetická data jsou k dispozici v čitelných textových formátech a ve formátu, v němž jsou různá pole kódována (ty umožňují uživatelům napsat jednoduchý kód pro sestavení vlastních dotazů na data).

FlyBase publikuje podmnožinu dat v tištěné podobě jako zvláštní vydání Drosophila Information Service . Dvě taková čísla byla publikována v červnu 1994: DIS 73 obsahuje údaje o genových lokusech, funkci genů a synonymech genů a alel; DIS 74 je bibliografie literatury o drozofilách za období 1982-1993.

FlyBase a Berkeley Drosophila Genome Project společně vydávají The Encyclopaedia of the Drosophila Genome (verze 2, říjen 1995). Ta představuje sloučení informací ve FlyBase s údaji projektu Berkeley zobrazitelnými prostřednictvím klienta ACeDB. Tento společný projekt zahrnoval přizpůsobení ACeDB pro Drosophilu (Suzanna Lewis v Berkeley), port ACeDB na platformy Mac (Cyrus Harmon v Berkeley) a rozhraní mezi Sybase a ACeDB (Eddy Welbourne v Cambridge). Encyklopedie je k dispozici u FlyBase jako CD-ROM (pro počítače Mac) nebo prostřednictvím ftp ze serveru FlyBase v Indianě pro platformy Unix a Mac.

Pro úspěch FlyBase je zásadní interakce s komunitou uživatelů. Podporujeme zasílání nových údajů, opravu chyb a nápadů, jak tuto databázi učinit ještě užitečnější pro komunitu.

Dokumentace

Kompletní referenční příručka FlyBase je k dispozici na serverech FlyBase jako textové nebo postscriptové soubory (flybase/docs/Reference-manual.txt; flybase/docs/Reference-manual.ps). K dispozici je také kratší uživatelská příručka (flybase/docs/User-manual.txt a.ps) a stručný úvod „O FlyBase“ (flybase/About-fly-base).

Novinky o změnách ve FlyBase jsou zveřejňovány v diskusní skupině bionet. drosophila.

Odkazování na FlyBase

Navrhujeme, aby se na FlyBase odkazovalo takto:

Navrhujeme, aby se pro FlyBase používala zkratka FB, bez ohledu na konkrétní produkt FlyBase.

Adresy

Server Harvard FlyBase má adresu URL http://morgan.harvard.edu/ .

CD-ROM Encyclopaedia of Drosophila (pro počítače Mac) lze za symbolickou cenu zakoupit u paní D. Palmer, Biological Laboratories, 16 Divinity Avenue, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA (FAX +1 617 495 9300).

Encyklopedie drozofily je k dispozici pro unixové systémy (Sun, SGI a DEC Alpha) a pro počítače Mac prostřednictvím ftp z adresy flybase.bio.indiana.edu (přihlaste se uživatelským jménem eofd a heslem FlyBase).

Dotazy týkající se serveru Indiana FlyBase můžete zasílat na adresu [email protected] .

Žádosti o pomoc a dotazy týkající se databáze FlyBase adresujte na adresu [email protected] . Hlášení o chybách v databázi FlyBase nebo o aktualizacích dat adresujte na adresu [email protected] . Poštu lze adresovat na adresu FlyBase, Biological Laboratories, Harvard University, 16 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, USA.

Poděkování

FlyBase je podporována grantem Národního ústavu zdraví (National Center for Human Genome Research). Byla rovněž podpořena grantem Rady pro lékařský výzkum (Medical Research Council) v Londýně. John Merriam (UCLA) byl členem konsorcia do července 1994. Děkujeme mu za jeho neocenitelné příspěvky.

Poznámky pro autory

.