Databáze CAZy/databáze sacharidově aktivních enzymů (CAZy):

Abstrakt

Sacharidově aktivní enzymy (CAZymes) sestavují, rozkládají a modifikují glykany a glykokonjugáty pomocí svých katalytických a vazebných modulů (funkčních proteinových domén). Databáze CAZy nabízí od roku 1998 online a průběžně aktualizovanou klasifikaci modulů CAZymů (Lombard et al. 2014). Každá rodina modulů v klasifikaci CAZy byla vytvořena na základě experimentálně charakterizovaných proteinových modulů z literatury a rodiny jsou doplněny sekvencemi příbuzných modulů z veřejných databází proteinových sekvencí. Protože žádný univerzální práh neumožňuje systematickou klasifikaci různých rodin CAZyme, jsou anotace CAZy výsledkem expertní kombinace modelování/kalibrace modulů a lidské kurátorské práce. Anotace CAZy jsou veřejně dostupné pro všechny proteiny zveřejněné v GenBank (Benson et al. 2012), Swiss-Prot (Boutet et al. 2016) a Protein Data Bank (PDB; http://www.rcsb.org; (Berman et al. 2000)). Dále funkční a trojrozměrné strukturní informace, pravidelně kurátorované z literatury, představují zásadní přidanou hodnotu k anotaci CAZy. V tomto duchu bylo nedávno vyvinuto zobrazení informací o ligandech z krystalografických komplexů (Lombard et al. 2014). Tato kapitola provede čtenáře používáním CAZy k vyhledávání enzymových anotací. Zodpoví také časté otázky, jako je (i) jak získat anotace CAZy pro konkrétní protein, genom nebo metagenom, (ii) jak nechat nově charakterizovanou rodinu zahrnout do klasifikačního schématu CAZy, (iii) proč CAZy nepokrývá všechny proteinové rodiny související s glykany/glykokonjugáty a (iv) proč CAZy nepřenáší funkční anotace na podobné sekvence. Nakonec zde představíme nedávný nástroj spojený s CAZy, a to prediktor a databázi PUL (Polysaccharide Utilization Loci) u druhů rodu Bacteroidetes (Terrapon et al. 2015).

.