CellProfiler / CellProfiler-Analyst

—————–

Version	Documentation	Forum

CellProfiler Analyst umožňuje interaktivní průzkum a analýzu dat,zejména z vysoce výkonných experimentů založených na obrazech. Součástí je systém strojového učení, který lze vycvičit k rozpoznávání složitých a jemných fenotypů pro automatické bodování milionů buněk.

Instalace

Stáhnout CellProfiler Analyst

CellProfiler Analyst vyžaduje JDK 1.8 (nejen JRE).

Zkontrolujte cestu k Javě.

Upozorňujeme, že se jedná o vývojovou větev CPA a bude pravidelně aktualizována.

Všechny verze najdete zde.

Pro začátek si stáhněte ukázkový dataset zde:

Vývojářské sestavení

Budování CPA na vašem počítači vyžaduje závislosti na CellProfileru. Podrobnější pokyny k instalaci naleznete na wiki.

• Pandas
• Seaborn
• Scikit-learn
• Javabridge
• Verlib
• Python-bioformáty

Dokumentace

Wiki

Fórum

Vývoj CellProfiler Analyst je diskutován na seznamu CellProfiler Forum.

Jak zadávat nové problémy

Připojte prosím dostatečné informace k reprodukci chyby. U mnoha chyb je vhodné připojit soubor vlastností, trénovací sadu nebo snímek obrazovky.

Jak citovat

David Dao, Adam N Fraser, Jane Hung, Vebjorn Ljosa, Shantanu Singh a Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets
Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw390

Thouis R Jones, In Han Kang, Douglas B Wheeler, Robert A Lindquist, Adam Papallo, David M Sabatini, Polina Golland a Anne E Carpenter
CellProfiler Analyst: software pro průzkum a analýzu dat pro komplexní obrazovky založené na obrazech
BMC Bioinformatics (2008) doi:10.1186/1471-2105-9-482

Přispěvatelé

David Dao, Adam Fraser, Vebjorn Ljosa, Thouis R. Jones, Jane Hung, Shantanu Singh, Mark Bray, Lee Kamentsky, Anne Carpenter

Pochvala

David Logan, Allen Goodman, Alison Kozol, Mohammad Hossein Rohban

.