Andrew B. Nobel

Genetická variabilita v populaci se běžně studuje pomocí analýzy jednonukleotidových polymorfismů (SNP), což jsou genetické varianty vyskytující se na určitých místech genomu. Analýza expresních kvantitativních znaků (eQTL) se snaží identifikovat genetické varianty, které ovlivňují expresi jednoho nebo více genů: dvojice gen-SNP, u níž je exprese genu spojena s alelickou konfigurací SNP, se označuje jako eQTL. Identifikace eQTL se ukázala být mocným nástrojem při studiu a pochopení nemocí v lidských i jiných populacích.

Při použití moderních genotypových a expresních matic může typická eQTL analýza zahrnovat miliony SNP a desítky tisíc genů, což činí výpočet a vícenásobné testování klíčovou výzvou. Dokonce i lokální (cis) analýzy eQTL, které omezují pozornost na blízké geny a SNP, mohou zahrnovat desítky milionů párů gen-SNP. Naše počáteční práce na analýze eQTL se zabývala rychlým výpočtem asociačních statistik v homozygotních populacích a následným testováním. V současné době zkoumáme využití iterativních metod testování ke zvýšení síly úplných (trans) eQTL analýz. Jako doplněk k testování eQTL jsme nedávno vyvinuli jednoduchý logaritmicko-lineární model pro posouzení velikosti účinku eQTL, což je důležitý problém, kterému se v literatuře nevěnovalo mnoho systematické pozornosti.

Dosud se většina studií eQTL zabývala účinky genetické variability na expresi v rámci jedné tkáně (obvykle krve). Důležitým dalším krokem je současná analýza eQTL ve více tkáních. Analýza více tkání má potenciál zlepšit výsledky studií eQTL v jedné tkáni zapůjčením síly napříč tkáněmi a řešit základní biologické otázky týkající se povahy a zdroje rozdílů mezi tkáněmi. Důležitým rysem studií více tkání je, že SNP může být spojen s expresí genu v některých tkáních, ale ne v jiných. Ve spolupráci s konsorciem NIH Genotype-Tissue Expression (GTEx) jsme vyvinuli empirický Bayesův postup nazvaný MT-eQTL pro analýzu více tkání eQTL. Tento postup, který je schopen testovat komplexní vzorce asociace ve více tkáních, byl jednou ze dvou metod použitých pro testování eQTL v nedávném článku konsorcia Science. Postup MT-eQTL je omezen na devět nebo deset tkání, ale v současné době pracujeme na rozšíření, které umožní škálovat až na dvacet nebo třicet tkání.

.